بازسازی و آنالیز توپولوژی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیرگاو

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده های NCBI ، Uniprot ، KEGG و Brenda مورد استفاده قرار گرفته اند. شبکه حاصل، شامل 3605 واکنش بوده که توسط 646 آنزیم کاتالیز شده و از پایگاه داده KEGG تهیه گردیده اند. براساس تئوری گراف، تمامی ویژگی های ساختاری شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. میانگین طول مشخصه مسیر برابر با مقادیر 51/5 و53/5 به ترتیب برای شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت به دست آمد. 23 متابولیت هاب تعیین گردید. زیرا هرگونه تغییر در این متابولیت ها ممکن است موجب کاهش تولید شیر بوده و یا برای سلامتی دام مضر باشد. بنابراین هدف از ساخت شبکه متابولیت محور، مقایسه تطابق ویژگی های این شبکه با سایر شبکه های بیولوژیکی و تعیین متابولیتهای کلیدی در تولید شیر می باشد. تحقیق حاضر، می تواند اطلاعات مفیدی برای بهبود و درک بهتر فرآیند تولید شیر در گاو از دیدگاه متابولیکی ارائه دهد و منجر به ارائه پیشنهاداتی در جهت ایجاد ویا بهبود استراتژی های اصلاح نژادی گردد