Bioinformatic Analysis of Codon Usage and Phylogenetic Relationships in Different Genotypes of the Hepatitis C Virus
Message:
Abstract:
Background
The hepatitis C virus (HCV) has six major genotypes. The purpose of this study was to phylogenetically investigate the differences between the genotypes of HCV, and to determine the types of amino acid codon usage in the structure of the virus in order to discover new methods for treatment regimes..
Methods
The codon usage of the six genotypes of the HCV nucleotide sequence was investigated through the online application available on the website Gene Infinity. Also, phylogenetic analysis and the evolutionary relationship of HCV genotypes were analyzed with MEGA 7 software..
Results
The six genotypes of HCV were divided into two groups based on their codon usage properties. In the first group, genotypes 1 and 5 (74.02%), and in the second group, genotypes 2 and 6 (72.43%) were shown to have the most similarity in terms of codon usage. Unlike the results with respect to determining the similarity of codon usage, the phylogenetic analysis showed the closest resemblance and correlation between genotypes 1 and 4. The results also showed that HCV has a GC (guanine-cytosine) abundant genome structure and prefers codons with GC for translation..
Conclusions
Genotypes 1 and 4 demonstrated remarkable similarity in terms of genome sequences and proteins, but surprisingly, in terms of the preferred codons for gene expression, they showed the greatest difference. More studies are therefore needed to confirm the results and select the best approach for treatment of these genotypes based on their codon usage properties..
Language:
English
Published:
Hepatitis Monthly, Volume:16 Issue: 10, 2016
Page:
7
magiran.com/p1598431  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 300,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.