شناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند

به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژن های کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالی ها و ساخت توالی های غیر تکراری، همه کانتیگ ها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. تعداد 300 توالی معادل 14 درصد از کل توالی های EST دارای ریزماهواره بودند و به طور متوسط نواحی بیان شونده در چغندرقند به ازای هر 4/6 کیلو باز دارای یک ریزماهواره بوده و فراوانترین آن ها تکرارهای سه تایی (36/33) بودند. تعدا 15 جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده بر روی 12 رقم و لاین چغندر با آزمون PCR بررسی شد و شش نشانگر چندشکل شناسایی شد که چهار مورد از آن ها از توالی های ژن های کنترل کننده گلدهی هستند. این نشانگرها قادر به تولید دو تا چهار الل در هر مکان بوده و محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) آن ها بین 0/4 تا 0/66 بود. این اطلاعات EST-SSR و نشانگرهای جدید SSR شناسایی شده، منابع مهمی برای مطالعات ژنتیکی، تاکسونومی، اصلاح مولکولی، شناسایی ارقام در مطالعات آینده بر روی چغندر قند است.