ارزیابی روش ذوب DNA مبتنی بر Real-time PCR جهت تشخیص انتروکوک فکالیس و انتروکوک فاسیوم در ایزوله های بالینی

کندی و خطای انسانی در روش های معمول جهت تشخیص دوگونه انتروکوک فکالیس و انتروکوک فاسیوم که جزء مهمترین گونه های بیماریزا در انسان می باشند، وجود روش های دقیقتر را ضروری کرده است. هدف از این مطالعه طراحی روشی دقیق و سریع با استفاده از تکنیک ذوب DNA با روش Real Time PCR جهت شناسایی و تفکیک این دو گونه از یکدیگر در ایزوله های بالینی می باشد.
در این مطالعه تجربی از ایزوله های موجود در بانک باکتریایی گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی همدان استفاده شد. طراحی پرایمرها با استفاده از نرم افزارهای اختصاصی و انتخاب ژن های divIVA برای تشخیص انتروکوک فکالیس وAlanine racemase برای تشخیص انتروکوک فاسیوم انجام شد. تشخیص ایزوله ها، با بکارگیری روش Real Time PCR و معیار قراردادن دمای ذوب DNA، مورد ارزیابی قرار گرفت.
حساسیت پرایمرهای طراحی شده برای ژنهای divIVA (اختصاصی انتروکوک فکالیس) و Alanine racemase (اختصاصی انتروکوک فاسیوم) CFU/ml 15 باکتری بودند. اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده با استفاده از آنالیز منحنی ذوب دمایی جهت شناسایی انتروکوک فکالیس 76/6 درجه سانتی گراد و جهت شناسایی انتروکوک فاسیوم 80/93 درجه سانتی گراد بود که در مقایسه با ارگانیسم های دیگر اختلاف قابل توجهی را نشان داد.
بر اساس این مطالعه، پرایمرهای طراحی شده دارای حساسیت و اختصاصیت مناسبی جهت تشخیص و افتراق گونه های انتروکوک فاسیوم و انتروکوک فکالیس بودند