بررسی بیوانفورماتیکی ساختار و عملکرد سم لبستاتین جداشده از زهرمار ماکروویپریالبتینا

لبستاتین، یک دیس اینتگرین پلی پپتیدی تک زنجیره ای متشکل از 107 آمینواسید است که از زهرمار ماکروویپریالبتینا جداسازی شده است. لبستاتین بااتصال به اینتگرین و مهار عملکرد آن، چسبندگی و مهاجرت سلول های اندوتلیال را خنثی کرده و اثر ضد رگ زایی دارد. هدف از انجام این پژوهش، بررسی برهمکنش این پپتید با اینتگرین و شناسایی اسیدهای آمینه ی مهم درگیر در این برهمکنش است.
با توجه به اهمیت لبستاتین در مهار چسبندگی و مهاجرت سلول های سرطانی؛ در این پژوهش ساختار سه بعدی این پپتید توسط سرور phyre2 شبیه سازی شده و با پپتیدهای مشابه مورد مقایسه قرار گرفت. در مرحله ی بعد، به منظور شناسایی مکانیسم دقیق عملکرد این پپتید، برهمکنش آن با زیرواحد اینتگرینی 1α با استفاده از سرور Z-Dock بررسی شد. نتایج حاصل از این برهمکنش نیز با کمک نرم افزارهای Chimera1.5.3 و SPDBV آنالیز گردید.
نتایج حاصل از شبیه سازی لبستاتین نشان داد که این سم ازلحاظ ساختار، شباهت بسیاری زیادی با پروتئین های هم خانواده ی خود دارد. به علاوه بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که ریشه های Lys50، Cys71 و Tyr92 از لبستاتین و Asp20، Tyr17 و His118 از زیر واحد 1α از مهم ترین اسیدهای آمینه ی درگیر در برهمکنش این دو پروتئین هستند.
بررسی های بیوانفورماتیکی مورد استفاده در این پژوهش، سبب شناسایی اسیدهای آمینه ی مهم درگیر در برهمکنش میان لبستاتین و اینتگرین هدف آن گردید. این نتایج را می توان در طراحی و تولید مصنوعی پپتیدهای متفاوت و قوی تر برای مهار اینتگرین و درنتیجه مهار مهاجرت و رگ زایی سلول های سرطانی مورد استفاده قرار داد.