بررسی فیلوژنی سویه های سالمونلای جدا شده از نمونه های بالینی بیمارستان های تهران براساس تعیین توالی ژن 23S rRNA

باکتری سالمونلا یکی از مهم ترین عوامل گاستروانتریت باکتریایی و بیماری های ناشی از غذا است. تاکنون بیش از 2500 سرووار از این جنس شناسایی شده که اکثر آنها برای انسان بیماری زا هستند. ساختار فیلوژنی خانواده انتروباکتریاسه براساس توالی 16S rRNA تنوع وسیعی ندارد. بنابراین این ژن به دلیل میزان توالی بالای حفاظت شده در ساختار خود، نمی تواند مشکلات طبقه بندی را در گونه های نزدیک به هم حل کند. به این منظور برای بررسی سویه های سالمونلا، ژن 23S rRNA انتخاب شد که توانایی تفکیک سویه های مرتبط به هم را در سطح زیرگونه دارد. هدف از این مطالعه بررسی قرابت سویه های سالمونلای بالینی با استفاده از توالی ژن 23S rRNA است.
مواد و DNA نمونه های تاییدشده سالمونلا از بیماران با علائم گوارشی، استخراج و توالی ژن 23S rRNA پس از PCR در آنها تعیین شد. درختچه فیلوژنی براساس روش Neighbor-joining و با نرم افزار MEGA 5. 05 5 رسم شد. دو ساختار مارپیچ 25 و 45 در بین اکثر سویه ها با سروتیپ های مختلف دیده شد. در سویه های سالمونلای تیفی تنها ساختار مارپیچ 25 و در بقیه سویه ها مارپیچ 45 مشاهده شد. میزان قرابت سویه های سالمونلا براساس توالی 23S rRNA بین 100-99 درصد بود. نتایج ژن 23S rRNAتمایز بیشتری برای آنالیز در سطح زیرگونه و تفریق سروتیپ ها نشان می دهد. با توجه به تنوع سروتیپ های سالمونلا براساس تفاوت آنتی ژن های O و H سطحی، لزوم به کارگیری روش های نوین مولکولی در این راستا و جایگزینی آن با روش های سنتی ضروری به نظر می رسد.