طراحی بیوانفورماتیکی و آنالیز ایمونوژن کایمر علیه اتصال و سمیت باکتری ویبریوکلرا

بیماری های اسهالی ناشی از باکتری های روده ای عامل مهم مرگ ومیر در کشورهای در حال توسعه به ویژه در کودکان زیر پنج سال است. واکسن ها می توانند راه حل مهمی برای پیشگیری از این بیماری باشند. فاکتور کلونیزاسیون پیلی (TcpA) ، پروتئین غشای خارجی W و توکسین کلرا مهم ترین عوامل بیماری زایی ویبریوکلرا هستند و ویژگی های ایمونوژنیک دارند. در این مطالعه، ایمونوژنی نوترکیب سه گانه متشکل از TcpA, CTXB OMPW, طراحی شد. پروتئین کایمر که دربردارنده اپی توپ های B-cell و توالی با خاصیت ادجوانتی است، می تواند به طور بالقوه احتمال بروز پاسخ های ایمنی موثر را افزایش دهد.
مواد و برای افزایش احتمال بیان پروتئین OTC، کدون های ژنی و انواع پارامترهای موثر در بیان بهینه شد و تجزیه وتحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA با هدف بررسی پایداری انجام گرفت. همچنین ساختار سوم پروتئین پیش بینی شد، کیفیت ساختارها ارزیابی، و اپی توپ های خطی و فضایی نیز تعیین شد. پروتئین با ترتیب توالی OTC بیشترین شاخص آنتی ژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون سازه کایمری به 0/89 افزایش یافت. ساختار سوم پیش بینی شده براساس سرور RaptorX کیفیت مناسبی را نشان داد. آنالیز ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد ساختار پیش بینی شده پایدار است. اپی توپ های فضایی و خطی در هر سه دومین پروتئین کایمر دیده شد. نتایج نشان داد پروتئین حاصل از این ساختار طراحی شده می تواند در برابر عملکرد اتصال و توکسین باکتری ویبریوکلرا مانند یک ایمونوژن عمل کند.