بررسی تاثیر هسپرتین بر سه فاکتور پیش آپوپتوزی Bad، Bak، و Bim در محیط شبیه سازی شده

بسیاری از ترکیبات مشتق شده از گیاهان دارویی مانند آنتی اکسیدان ها و پلی فنل ها نقش بسزایی در پیشگیری و درمان انواع سرطان ها دارند. یکی از فرایندهای مهار سرطان، فعال کردن مسیر آپوپتوز است و ما قصد داریم در این مطالعه، تاثیر دینامیک مولکولی هسپرتین (Hesperetin) را بر روی فاکتورهای پیش آپوپتوزی Bad، Bak و Bim در محیط شبیه سازی شده بررسی نماییم. اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی و فایل های PDB (Protein Data Bank) سه فاکتور آپوپتوزی Bad، Bak و Bim را از پایگاه اطلاعاتی www. rcsb. org دریافت کردیم و با استفاده از نرم افزارهای AutoDock v. 4. 2, VMD v. 1. 9. 2 و Gromacs v. 4. 5. 4 فرایندهای بهینه سازی، شبیه سازی، اتصال مولکولی و محاسبات دینامیک مولکولی را انجام دادیم. مولکول Bad در اتصال با هسپرتین بیشترین میزان انرژی را آزاد می کند در حالی که تغییرات مربوط به شعاع چرخشی (Radius of Gyration) پروتئین Badبعد از اتصال هسپرتین کاهش ولی برای پروتئین های Bak و Bim افزایش یافت. بیشترین تغییر ساختار دوم پروتئین مربوط به افزایش میزان ساختار Bent و کاهش میزان ساختار β-Sheet در مولکول Bim بود. هسپرتین با تاثیر بر دینامیک مولکولی فاکتور های پیش آپوپتوزی Bad، Bak و Bim می تواند فعالیت آن ها را تحت تاثیر قرار دهد. هر چند که به نظر می رسد بیشترین تاثیر را در فعال کردن مولکول Bad دارد و با ایجاد تغییر در ساختار دوم پروتئین Bim می تواند منجر به فعال کردن این پروتئین و القاء آپوپتوز شود.