مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه های دامی

حفظ تنوع ژنتیکی در جمعیت های بومی بز در نقاط مختلف ایران برای انجام برنامه های اصلاح نژادی، افزایش تولید، بقاء، مقاومت به بیماری ها و تغییرات شرایط محیطی مختلف ضروری است. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ناحیه HVR1 از ژنوم میتوکندری از بز های بومی ایران شامل اکوتیپ های سیستانی، پاکستانی، لری سیاه و عدنی (هر کدام 4 راس)، بررسی میزان تنوع محتمل در این جمعیت ها و ترسیم رابطه فیلوژنی آن ها در مقایسه با برخی گونه های حیوانی بود. استخراج DNA کل به روش فنل-کلروفرم انجام شد و به عنوان الگو جهت تکثیر ناحیهHVR1  ژنوم میتوکندری مورد استفاده قرار گرفت و باندهای بدست آمده به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی های نوکلئوتیدی مذکور به همراه 30 توالی از ناحیه مشابه ژنوم میتوکندری مربوط به برخی گونه های حیوانی بدست آمده از بانک جهانی ژن (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. میانگین تنوع هاپلوتایپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه ها به ترتیب  994/0 و 12891/0 و در اکوتیپ های مورد بررسی 1و 02929/0 محاسبه شد. میزان عددی نسبت جایگزینی dn/ds برای اکوتیپ های مورد بررسی و سایر گونه ها به ترتیب 17/1 و 12/1 محاسبه شد که نشان دهنده انتخاب مثبت در فرایند تکامل این ژن است. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1  شامل دو شاخه اصلی و تعداد 7 زیر شاخه فرعی بودند. در بین گونه های مورد بررسی اکوتیپ های بز با گونه گوسفند شباهت بیشتری داشتند. تجزیه ژنتیکی و فیلوژنی گونه های مورد بررسی بیانگر تمایز و مسیر تکاملی متفاوت هر گونه است و ناحیه HVR1 می تواند موجب گروه بندی صحیح گونه ها و زیر گونه های انشقاق  یافته از آنها شود.