بررسی فیلوژنی مولکولی خیار دریایی بر اساس اطلاعات ژن 18s rRNA در سواحل بین جزر و مدی جزیره قشم

به منظور مطالعه فیلوژنی مولکولی خیارهای دریایی غالب در سواحل جزر و مدی جزیره قشم ، تعداد 15 نمونه از هر گونه ، جمعآوری و پس از تثبیت در اتانول 96 درجه ، به آزمایشگاه منتقل شد. در آزمایشگاه نمونه ها در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری شدند. DNA ژنومی نمونه ها با استفاده از کیت استخراج (Marine DNA Animal Tissue Kit) استخراج شد و کمیت وتوسط اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار گرفت . واکنش زنجیره ای پلیمر از کیفیت آن به کمک الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد و رنگ آمیزی (PCR) با یک جفت پرایمر اختصاصی صورت گرفت . محصول تکثیر شده روی ژل آگارز 2 درصد مشاهده شد و پس از تایید اندازه و کیفیت قطعه تکثیر شده، محصولات PCR جهت انجام عملیات توالی یابی آماده سازی شدند . توالی یابی برای هر نمونه طی دو مرحله انجام شد . در نوبت اول، عملیات خوانش با پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت ، اما به علت زیاد بودن طول قطعه تکثیر شده، برای مرحله دوم پرایمرهای داخلی طراحی شد . جهت تجزیه و تحلیل فیلوژنی ، نرم افزارهای ClustalX2 و PAUP مورد استفاده قرار گرفت . از نرم افزار ClustalX2 برای بررسی توالی ها پس از BLAST در بانک ژنی و همچنین جهت رسم درخت Neighbor joining استفاده شد. با استفاده از نرم افزار PAUP، درخت فیلوژنی Maximum Parsimony رسم گردید. سپس با نرم افزار Tree view درخت فیلوژنی مشاهده شد. به منظور بررسی صفات ریخت شناسی، اسپیکولهای میکروسکوپی استخراج گردید و مورد مطالعه قرار گرفت. اسپیکول ها نیز متعلق به گونه های Holothuria arenicola و Holothuria parva بودند . این شناسایی توسط دکتر Gustav Paulay از موزه تاریخ طبیعی فلوریدا تایید شد. نتایج به دست آمده از توالییابی نشان داد که گونه Holothuria arenicola بررسی شده از سواحل جزر و مدی جزیره قشم، دارای 95 درصد شباهت و هم پوشانی با Holothuria arenicola ثبت شده در بانک ژنی آمریکا است . گونه Holothuria parva که تاکنون در بانک ژنی به ثبت نرسیده است، دارای بیشترین میزان تشابه با گونه Holothuria edulis است.