تعیین تفاوت تغییرات در طول تکامل برای پروتئین های باکتریایی RecA در مقایسه با ژن 16SrRNA با استفاده از درخت 16S-تاکسونومی

میزان تغییرات در ژن های مختلف یک گونه باکتریایی طی تکامل متفاوت است. از این رو بسیاری از محققان برای مطالعه سیستماتیک باکتریایی، درخت فیلوژنتیک یک ژن خاص را با درخت استاندارد یک ژن rRNA مقایسه می کنند. با توجه به اهمیت ژن 16SrRNA و روند تکاملی خانواده پروتئینی RecA، در این مطالعه تنوع تغییرات را در فایلوم های منتخب خانواده پروتئینی RecA باکتریایی در مقایسه با ژن های 16SrRNA بررسی کردیم. به این منظور توالی های باکتریایی خانواده پروتئینی RecA از پایگاه داده UniProt استخراج و با استفاده از نرم افزار Cd-hit دسته بندی شدند. از هر کلاستر یک جنس و گونه انتخاب شد و توالی کامل ژن 16SrRNA را برای جنس و گونه های منتخب به دست آوردیم. بعد از تعیین شاخص، بر اساس محاسبه میانگین امتیاز همترازسازی (AAS) برای فایلوم ‏های ژن 16SrRNA ، درخت 16S- تاکسونومی شکل گرفت. در ادامه، محاسبه AAS برای فایلوم های RecA نیز صورت گرفت. با مقایسه مقدار AAS بین فایلوم های یکسان ژن 16SrRNA و پروتئین RecA، مشاهده کردیم که فایلوم Actinobacteria در ژن16SrRNA نزدیک ترین فایلوم به سرگروه است، ولی همین فایلوم در پروتئین RecA بیشترین فاصله را با سرگروه دارد. جایگاه تکاملی فایلوم cyanobacteria در ژن 16SrRNA و پروتئین RecA نسبت به سرگروه درخت  16S- تاکسونومی تغییری نکرده است. درخت 16S-تاکسونومی برای اولین بار در این پژوهش ارائه شده است و با الگوریتم های شناخته شده تفاوت دارد. به دست آوردن اطلاعات گونه هایی که کمترین و بشترین میزان تغییرات تکاملی را دارند، می تواند یک روش پیش بینی باشد که چرا باکتری ها در زمان طولانی در برابر بعضی داروها مقاوم می شوند.