پیش بینی و تایید in silico ریزRNA ها در بافت های مختلف گوسفند با منشا کروموزوم20

در سال های اخیر با روشن شدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژن های ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کرده است از سویی دیگر روش های بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینه ی کمتری پیش برود. تحقیقات در سال های اخیر بر روی گونه های زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعث شده تا در این گونه ها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونه ی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود دارد. در این مطالعه پس از پیش بینی ریزRNAهای کروموزوم 20 گوسفند، جهت تایید با اورتولوگ ها در سایر گونه ها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از داده های ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از داده های شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل 400 ریز RNA و از این تعداد 81 ریزRNA جدید در کروموزوم 20 گوسفند پیش بینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد 33 ریزRNA فقط در بافت عضله، 10 ریزRNA فقط در بافت کبد، 35 ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و 3 ریزRNA نیز در مخلوط بافت های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد 64 ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر 67 و 95 درصد ارزیابی شد و از این رو می توان گفت این روش می تواند به عنوان مکمل روش های پیش بینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.