ارزیابی ویژگی های ساختاری وعملکردی مجموعه پروتئینی Xpt به منظور توسعه روش های مولکولی در طراحی نسل جدید آفت کش ها

در خصوص ویژگی های ساختاری و عملکردی مجموعه سموم آفت کش Xpt اطلاعات کمی موجود است. آگاهی از دمین های عملکردی و اتصالی در جهت ایجاد سازه های ژنی جدید با حذف نواحی غیر ضروری یا قرار دادن دمین های عملکردی در مجاورت پروتئین های دیگر و تولید سموم چند توان حائز اهمیت است. در پژوهش حاضر محاسبات زیستی این مجموعه جهت آگاهی از ویژگی های نواحی مختلف آن انجام گردید. توالی ژنی و پروتئینی این مجموعه شامل زیر واحد های XptA1 ، XptA2 ، XptB1 و XptC1 از پایگاه های داده استحصال و بررسی ساختاری و عملکردی شامل خصوصیات فیزیکوشیمیایی، توپولوژی، دامنه میزبانی، ساختارهای ثانویه و سه بعدی توسط برنامه های رایج محاسباتی صورت پذیرفت. قابلیت ترشح مستقل از سیگنال پپتید، دمین های مرتبط با خاصیت حشره کشی و عملکرد سایر دومین ها آشکار گردید. همگون یابی توالی نواحی عملکردی منجر به ردیابی آن ها در طیف وسیع از باکتری های گرم منفی شد. ساختار ثانویه نشان دهنده ماهیت هلیکسی ناحیه عملکردی XptA1 و XptA2 و صفحه ای XptC1 است. قابلیت عملکردی مطلوب XptC1 نسبت به سایر اجزا در اتصال به اکتین نشان داده شد. نتایج حاصل از این تحقیق با آشکار سازی اطلاعات پایه ای نواحی مختلف مجموعه سموم Xpt امکان طراحی سازه های ژنی جدید مبتنی بر زیست شناسی سنتزی را فراهم می آورد