طراحی بیوانفورماتیکی یک سازه هیبریدی به عنوان کنترل مثبت جهت شناسایی هم زمان چهار عامل بیماری زا به روش PCR

امروزه یکی از مهم ترین مشکلات در تشخیص پاتوژن های انسانی، کمبود کنترل مثبت است. ایده استفاده از حامل های هیبریدی شامل ژن های پاتوژن های مختلف، می تواند به این محدودیت ها غلبه کند. ما می توانیم برای هر ناحیه پرایمرهای اختصاصی طراحی و از حامل های هیبریدی به عنوان نمونه کنترل مثبت در واکنش زنجیره ای پلیمراز استفاده کنیم. در این پروژه، ما یک حامل هیبرید و پرایمرهای مربوطه را برای تشخیص فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به صورت انفورماتیکی طراحی کردیم.

در این مطالعه ژن های fopA، caf1، 16srRNA و HA به ترتیب به نمایندگی از فرانسیسلا، یرسینیا، بورخولدریا و واریولا برای قرار دادن روی حامل انتخاب شدند. توالی این ژن ها از پایگاه داده NCBI به فرمت FASTA استخراج شد و برای یافتن ناحیه حفاظت شده هر ژن، در نرم افزار BioEdit 7.0.5.3 هم ردیف سازی شد. سپس تغییرات خاصی در هر منطقه ژنی اعمال گردید و توالی ها در کنار یکدیگر قرار گرفتند و سازه مدنظر طراحی شد. پرایمرهای اختصاصی برای هر ناحیه ی ژنی با استفاده از نرم افزارهای Oligo 7، BioEdit و همچنین ابزار OligoAnalyzer و پایگاه داده NCBI طراحی شد. در پایان در نرم افزار SnapGene 3.2.0.1، سازه در حامل PUC57 همسانه سازی شد و واکنش زنجیره ای پلیمراز روی حامل هیبریدی با استفاده از پرایمرهای طراحی شده، شبیه سازی گردید.

آنالیزها تایید کردند که نواحی حفاظت شده برای هر ژن روی حامل هیبریدی قرار گرفتند و شبیه سازی واکنش زنجیره ای پلیمراز، صحت پرایمرهای طراحی شده را تایید کرد.

یک سازه هیبریدی شبیه ساز ژنتیکی به همراه انواع پرایمرهای مورد نیاز برای شناسایی چهار عامل فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به صورت بیوانفورماتیکی طراحی شده است تا بتوان با استفاده از آن به عنوان کنترل مثبت، در شرایط اضطراری بتوانیم این گونه عوامل را شناسایی کنیم.