طراحی، مدل سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-10b و metastamiR-126 با استفاده از تکنیک (CRISPR-C2c2 (Cas13a

یکی از مهم ترین دلایل مرگ و میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیرا نشان داده شده است که گروه خاصی از miRNAها(microRNA) که metastamir نامیده می شوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. miR-126 ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه miR-10b بیان بیش از حد پیدا می کند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این miRNAها می تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک CRISPR-C2c2(Cas13a) به منظور هدف گیری پیش سازهای miRNA جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن ها مورد بررسی قرار گرفت.

پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C2c2 از پایگاه داده RCSB و توالی های miRNA و پیش سازهای آن ها از پایگاه های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNAهای هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNAهای طراحی شده با استفاده از نرم افزار RNAbuider2.8.2 شبیه سازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C2c2(Cas13a) از سرور Hdock استفاده شد.

crRNA طراحی شده با هدف mir-126 مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهت گیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدف گیری mir-10b با وجود اختصاصیت بالا جهت گیری درستی ایجاد نشد.

بررسی توالی محور crRNAهای طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه می شود در کنار بررسی های برپایه اختصاصیت، شبیه سازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.