Identification of Pathways and Candidate Genes Associated with Resistance to Ascochyta Blight in a Mutant Chickpea Variety using RNA-Seq Analysis
Message:
Abstract:

Chickpea is involved in biotic and abiotic stresses during its growing period. Ascochyta blight is the most significant fungal disease that causes main yield defection in chickpea. Breeding to obtain resistant cultivars is the most important method for coping with Ascochyta blight. Evaluation of the pattern of gene expression and identification of resistant genes using RNA-Seq technique provides valuable information for breeders. In present research the transcriptome profile of a C-727 as sensitive variety and CM-88 as a resistance variety were investigated. RNA extracted from the leaves of the plants under Ascochyta infection. following by preparation of depleted RNA library from rRNA. Then, sequencing was performed by illumina genome analyzer deep sequencing. An approximately 84653468 (C-727) and 97400784 (CM-88) raw reads were generated. In total, 3106 genes were determined by differential expression. From 3106 genes in CM-88, 1546 genes showed the decrease in expression and 1560 genes showed the increase in expression than C-727. After KEGG analysis, 1285 genes were recognized in 122 biological pathways. from 1285 genes, 627 and 607 genes were down and up regulated in CM-88. The results of the KEGG analysis and the pattern of expression of the genes showed that the N-Glycan biosynthesis pathway and the pathway for the synthesis of amino acid arginine and a transcription factor that induced hormones related to defense signals was enriched with enhanced expression genes consequently they may play a role in resistance to ascochyta in the varieties studied.

Article Type:
Research/Original Article
Language:
Persian
Published:
Journal of Crop Breeding, Volume:12 Issue: 33, 2020
Pages:
69 - 75
magiran.com/p2127116  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
پرداخت با کارتهای اعتباری بین المللی از طریق PayPal امکانپذیر است.
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.