بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن با ژن هایی با بیان متفاوت در بین دو جمعیت گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد

هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن ها با بیان ژن برای ژن های با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فن آوری RNA-Seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. به همین منظور پس از تعیین نواحی ORF برای این ژن ها، از نرم افزار CodonW جهت برآورد شاخص های الگوی ترجیح کدونی ازجمله CAI، ENC، GC و GC3s استفاده شد. تجزیه ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژن های با بیان متفاوت، وجود همبستگی بالا و معنی داری (0/74) بین مقادیر شاخص GC کل و GC3s نشان داد. هم چنین همبستگی بالا و معنی داری بین مقادیر ENC با GC کل و  GC3sT و (0/65و0/77)  مشاهده شد که نشان دهنده ی نقش جهش در شکل گیری کدون ها می باشد. بر اساس نتایج بدست آمده در این پژوهش، عواملی ازجمله مقدار GC، جهش و سطح بیان ژن نقش مهمی در شکل گیری کدون ها در ژن های موردمطالعه در این تحقیق داشتند. این مطالعه اولین مقایسه بین گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد می باشد که به درک بهتر ساز وکارهای تکاملی شکل گیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می کند.