مطالعه ی قدرت مهاری ترکیبات بیس ایندولی سنتتیک بر فرآیند فیبریلاسیون آمیلوئیدی با استفاده از روش های شبیه سازی مولکولی

تشکیل ساختارهای آمیلوییدی به دلیل ایجاد بیماری هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده های مهم، حلقه های ایندولی می باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده ی فیبریلاسیون آمیلوییدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندانیندارد. در این مطالعه با استفاده از روش های داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی، میانکنش این دو لیگاند با پروتئین مدل شده ی آمیلوییدی بررسی شد. روش داکینگ مولکولی تمایلی مشابه اما با جایگاه اتصالی متفاوت برای دو لیگاند نشان داد. اما نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که لیگاند BI2MPMبا تخریب عمده ساختار بتای هسته های اولیه، موجب کاهش میانکنش بین آن ها و با افزایش تغییرات ساختاری در رشته های بتا باعث ناپایداری و توقف رشد فیبریلاسیون می گردد. اما ترکیب BI3NPM تغییرات اندکی بر ساختار هسته های فیبریلی اعمال می کند.