اثر اندازه جمعیت مرجع و روش های استنباط ژنوتیپ بر صحت استنباط در جمعیت های خالص و آمیخته

استنباط ژنوتیپ به عنوان یک روش تبدیل تراشه های با تراکم پایین به تراشه های با تراکم بالا به منظور افزایش صحت انتخاب ژنومی در حیوانات است. در پژوهش حاضر به منظور بررسی صحت استنباط ژنوتیپ سه جمعیت آمیخته (سناریو 1)، خالص (سناریو 2) و آمیخته + خالص (سناریو 3) به کمک نرم افزار QMSim شبیه سازی شد. از دو روش استنباط ژنوتیپ Beagle و Flmpute برای دو نوع تراشه با تراکم کم و زیاد استفاده شد. اندازه جمعیت مرجع برای هر سناریو 250، 500 و 1000 حیوان انتخاب شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برای تمام سناریوها با افزایش اندازه جمعیت مرجع از 250 به 500 حیوان، افزایش صحت استنباط ژنوتیپ بیشتر و از 500 به 1000 حیوان این افزایش، کندتر شد. صحت استنباط ژنوتیپ به کمک روش Flmpute نسبت به Beagle برای اندازه جمعیت مرجع کوچک (250 حیوان) بیشتر نمایان شد. در اندازه های جمعیت مرجع 500 و 1000 حیوان در تمام سناریوها افزایش صحت Flmpute نسبت به روش Beagle معنی دار نبود. برای سناریو 1 میزان صحت استنباط ژنوتیپ نسبت به سناریو 2 بیشتر برآورد شد. افزایش صحت استنباط ژنوتیپ در سناریو 3 در مقایسه با سناریو 1بی معنی شد. به طور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که در کشورهای در حال توسعه که جمعیت حیوانی تعیین ژنوتیپ شده کوچک در دسترس هست، برای افزایش صحت انتخاب ژنومی استفاده از روش استنباط ژنوتیپ Flmpute به کمک جمعیت آمیخته با افزایش ارتباط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و هدف می توان به عنوان یک راهکار مناسب استفاده شود.