بررسی مقایسه ای جهش R213G در دومین اتصالی به DNA پروتئین P53 با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

P53 یک پروتئین سرکوبگر تومور است و جهش های missense زیادی در ژن این پروتئین شناسایی شده است. این جهش ها در تعداد زیادی از سرطان ها مشاهده می شوند. R213G یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش R213G در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت.

برای ساختار سه بعدی پروتئین P53 گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی 1TSR استفاده شد. برای جهش R213G، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی AMBER99SB و مدل آب TIP3P به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری های حاصل انجام شد.

آنالیز RMSF نشان داد جهش R213G باعث تغییر انعطاف پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-248 می شود. جالب است که این باقیمانده ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده اند و یا باقیمانده های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تایید می کند.

نتیجه گیری: 

آنالیز RMSF جهش R213G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می کند که این جهش می تواند بر روی برهمکنش P53 با دیگر درشت مولکول ها تاثیر گسترده ای بگذارد.