کشف و فراخوانی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی بر روی توالی ژن های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت گاو هلشتاین (بوس تاروس) و کلیستانی (بوس ایندیکوس)

در مطالعه ی حاضر چندشکلی های تک نوکلیوتیدی بر روی توالی ژن های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی بررسی شد. برای این منظور ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) از پایگاه SRA استخراج و سپس از طریق همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-seq بروی ژنوم مرجع گاو ،آنالیز بیان ژن افتراقی میان دو جمعیت انجام شد. در نهایت از میان 24616 ژن و 26716 ایزوفرم شناخته شده در گونه گاو، 41 ژن بین دو جمعیت مورد مطالعه بطور معنی داری متفاوت بیان داشتند (000015/0 (p < . آنالیز ماهیت شناسی ژن و مسیرهای بیولوژیکی نشان داد این ژن ها در 20 مسیر درگیر می باشند. اکثر این ژنها در مسیرهای پاسخ ایمنی، زنجیره انتقال الکترون، تحمل تنش حرارتی و مقاومت به بیماری درگیر هستند. کشف و فراخوانی چندشکلی-های تک نوکلیوتیدی بر روی توالی کل ترانسکریپتوم این دو جمعیت به فهرستی شامل به ترتیب 53478 و 145443 مورد SNP بر روی ترانسکریپتوم آنها انجامید. از این میان، تعداد 24 موردSNP در هلشتاین و 154 مورد درکلیستانی بر روی توالی 23 ژن از مجموع 41 ژن متفاوت بیان شده قرار داشتند . 157 مورد SNP جدید و 21 مورد دارای شماره rs در پایگاه های اطلاعاتی بودند . احتمالا تفاوت بیان ژنهای حامل SNP را می توان به SNP های واقع بر توالی آنها نسبت داد. تعیین ماهیت این SNPها و مشخص نمودن عامل یا غیرعامل بودن آنها، مطالعه بیان اختصاصی آللی و محاسبه پوشش ترانسکریپتومی هر یک از آنها به روشنتر شدن صحت و ساز و کار این موضوع کمک خواهد نمود.