شناسایی ژن های کانونی مرتبط با پیشرفت کارسینومای غیر سلول کوچک ریه با تحلیل داده های ریزآرایه

کارسینومای سلول‌های غیر کوچک (NSCLC) شایع ترین نوع سرطان ریه است که سالانه منجر به مرگ حدود یک میلیون نفر در جهان می‌شود. اگرچه مبتلایان به NSCLC در مراحل ابتدایی بهتر به داروها پاسخ می‌دهند، میزان بقای کلی پنج ساله برای بیمارانی که در مراحل پیشرفته این سرطان قرار دارند ضعیف باقی مانده است. از این رو درک مکانیسم‌های مولکولی از جمله تغییرات بیان ژن‌ها که باعث پیشرفت NSCLC می‌شود برای شناخت اهداف درمانی جدید و افزایش بقای بیماران حایز اهمیت است. ابزار‌های بیوانفورماتیک در کنار مطالعات ریزآرایه و توالی یابی نسل جدید تقش مهمی در شناسایی ژن‌های کانونی داشته‌اند که بیشترین تاثیر را در شبکه ژن‌های تغییر بیان یافته دارند. به این ترتیب هدف از مطالعه‌ی حاضر شناسایی ژن‌های کانونی مرتبط با پیشرفت NSCLC و بررسی ارتباط آن‌ها با میزان بقای این بیماران است. در این مطالعه دو پروفایل بیان ژنی GSE21933 و GSE21933 از مطالعات ریزآرایه‌ از پایگاه GEO استفاده شد. به منظور شناسایی ژن‌هایی که بیان آن‌ها بین نمونه‌های توموری و کنترل تغییر بیان یافته بود از نرم افزار R استفاده شد. تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی و غنی شدن ژن‌ها در مسیرهای KEGG با استفاده از پایگاه GSEA انجام شد. برای یافتن ژن‌های کانونی از نرم افزار Cytoscape و افزونه Cytohubba استفاده گردید. ارتباط تغییر بیان ژن‌ها بر میزان بقای بیماران از پایگاه داده Kaplan Meier plotter استخراج شد. نتایج مطالعه نشان داد که ژن‌های کانونی در شبکه ژن‌های تغییر بیان یافته، مختص به مراحل پیشرفته NSCLC شامل EGFR، CCT2، CCT5، PDIA6، AR، WDR12، PNPLA2، PENK، NUP37 و SNAI2 می‌باشند که به غیر از PNPLA2 و SNAI2 همگی با میزان بقای کلی بیماران ارتباط معناداری دارند. ژن‌های کانونی مرتبط با مرحله پیشرفته NSCLC که در این مطالعه معرفی شده‌اند می‌توانند به عنوان اهدافی در جلوگیری از پیشرفت بیشتر و افزایش بقای مبتلایان به NSCLC مورد توجه قرار گیرند.