استفاده از روش 16S Single Specific Primer PCR (16S SSP- PCR) به منظور شناسایی و جداسازی اختصاصی جنس شیگلا

در این مطالعه با استفاده از ژنRNA ریبوزومی و بکارگیری روش Single Specific Primer PCR(SSP-PCR)، جنس شیگلا مورد شناسایی اختصاصی قرار گرفت. RNA های ریبوزومی که دارای پایداری بسیار بالا و تعداد کپی های فراوان در سلول هستند، یکی از ابزارهای مهم شناسایی اختصاصی سلول ها میباشند و ژن 16S rRNA به عنوان بیومارکری استاندارد برای طبقه بندی و شناسایی سلول های پروکاریوتی مورد استفاده قرار میگیرد. باتوجه به درصد بالای هموژنیسیته در این ژن و منطقه ی هتروژن اختصاصی کوتاه، در این مطالعه از روش SSP-PCR به منظور شناسایی و جداسازی ژن 16S rRNA استفاده شد. این روش با طراحی تنها یک پرایمر اختصاصی، تکثیر ژن انجام میشود. در این مطالعه، ژن 16S rRNA گونه های مختلف باکتری شیگلا با ژن مذکور در 57 باکتری مرتبط دیگر، مورد الایمنت قرار گرفت و تک پرایمر اختصاصی در ناحیه ی متغییر V6 طراحی شد. امپلیکون به روش الکتروفورز دوبعدی بر روی ژل آگارز مورد بررسی قرار گرفت و تشکیل باند 253 bp به عنوان پاسخ مثبت در نمونه ها در نظر گرفته شد. مشخص گردید که در هر چهار گونه ی جنس شیگلا (شیگلا فلکسنری، شیگلا دیسانتری، شیگلابوییدی و شیگلا سونیی)، شناسایی به طور اختصاصی صورت گرفته و سایر گونه ها باند مرتبط را ایجاد نکردند. استفاده ژن 16S rRNA در کنار روش SSP-PCR ، یک ترکیب بسیار کاربردی در شناسایی اختصاصی باکتری ها در کوتاه ترین زمان با سهولت بالا میباشد. از کاربردهای این روش شناسایی میتوان به تشخیص زودهنگام عفونت های باکتریایی به ویژه در شرایط اضطرار اشاره کرد.