مقایسه تنوع ژنتیکی ناحیه 3′UTR جدایه های ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus) خراسان با جدایه های ایران و سایر نقاط دنیا

ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) ازجمله ویروس های خاک برد چغندرقند است. در این تحقیق، 80 نمونه چغندرقند از مزارع خراسان رضوی و شمالی جمع آوری شد. پس از استخراج RNAی کل آن ها، ناحیه 3'UTR ژنوم ویروس به تعداد 315 نوکلیوتید با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز با رونویسی معکوس و بهره گیری از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشتی تکثیر شد. این ناحیه در شش جدایه مختلف پس از همسانه سازی، توالی یابی و در NCBI ثبت شدند. نتایج بررسی خویشاوندی این جدایه ها (بر اساس (3'UTR با کل جدایه های ثبت شده در بانک جهانی نشان داد که آن ها در دو گروه عمده I و II قرار می گیرند به طوری که هر یک به دو زیرگروه تقسیم می شوند. شش جدایه این بررسی با 23 جدایه از نقاط مختلف ایران در زیرگروه IA و چهار جدایه دیگر از خراسان در زیرگروه IB جای گرفتند. سه جدایه از کرمانشاه و یک جدایه از همدان (Ir-KSh5,Ir-KSh4 Ir-KSh6 و Ir-Ha2) در زیرگروه IIA قرار گرفتند. چهار جدایه از کرمانشاه Ir-KSh9,Ir-KSh8,Ir-KSh7) و Ir-KSh10) به همراه جدایه های چینی، اروپایی و آمریکایی زیرگروه IIB را تشکیل دادند. نتایج مقایسه نوکلیوتیدی توالی شش جدایه نشان داد که اگرچه تغییر نوکلیوتیدی مهم در موقعیت 3477 (یوریدین بجای گوانین) صورت نگرفته است، اما در موقعیت 3398 آدنین جایگزین گوانین و در موقعیت 3393 فقط در جدایه فریمان (MW274750) یوریدین بجای سیتوزین جایگزین شده است. نتایج مقایسه میانگین شباهت نوکلیوتیدی ناحیه 3'UTR این جدایه ها نشان داد که با جدایه های ایرانی (به غیر از جدایه-های کرمانشاه با 52/92 درصد) در دامنه بین 75/98-37/97 درصد مشابهت دارند.