مقایسه روش های استخراج DNA جهت شناسایی لاکتوباسیل های پروبیوتیکی، باکتری های مقاوم به تجزیه

استخراج DNA یک مرحله مهم در تمام پروتکل های مبتنی بر اسید نوکلییک جهت شناسایی میکروارگانیسم ها می باشد. باکتری های اسید لاکتیک بخش مهمی از جمعیت میکروبی سالم در دستگاه گوارش انسان هستند. این باکتری های گرم مثبت چندین لایه پپتیدوگلیکان در دیواره سلولی دارند که باعث ایجاد مشکلاتی در تجزیه سلول و دستیابی به روش های مطمین برای استخراج DNA می گردد. هدف از این مطالعه، ارزیابی فرایندهای استخراج DNA مبتنی بر اتوکلاو و لیزوزیم برای دستیابی به DNAهای ژنومی با کیفیت بالا از باکتری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس بود. همچنین غلظت و کیفیت DNA با کیت تجاری مقایسه شد. نتایج نشان داد براساس کاربرد DNA در فرایندهای پایین دستی، روش های مناسب برای استخراج DNA متفاوت خواهند بود. روش هایی که دارای تیمار با آنزیم لیزوزیم بودند نسبت به تیمار با اتوکلاو مقادیر بیشتری از DNA تولید کردند. تیمار با آنزیم لیزوزیم در ترکیب با روش سیلیکا-گوانیدین تیوسیانات، پروتکل کارآمد و مقرون به صرفه برای تجزیه روتین باکتری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس بود. غلظت و کیفیت DNA به دست آمده در این روش قابل مقایسه با کیت تجاری بود. اما تیمار با اتوکلاو تاثیر کمی بر شکستن دیواره های سلولی داشت که منجربه استخراج غلظت پایین DNA گردید. این روش نتوانست به طورکامل تمام دیواره های سلول باکتری را بشکند. البته تعداد کمی از دیواره های سلولی شکسته شده در سوپرناتانت سوسپانسیون سلولی اتوکلاو شده به طور میکروسکوپی مشاهده شدند. لذا این پروتکل برای انجام آزمایش PCR مستقیم روی نمونه های حاوی مقادیر زیادی از لاکتوباسیل ها از کیفیت خوبی برخوردار بود. این نتاج بر انتخاب دقیق روش استخراج DNA براساس آنالیزهای پایین دستی محصولات PCR تاکید می کند.