بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام رسان NF-кB در محیط شبیه سازی شده مولکولی (In silico)

هدف از این مطالعه، بررسی اثرات مهاری لاکتوفرامپین- لاکتوفریسین شتری نوترکیب بر مسیر فاکتور هسته ای کاپا B (NF-кB) بود. این پپتید (CLF36) که با مطالعه قبلی در آزمایشگاه بیوتکنولوژی گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد (شماره دسترسی بانک ژن: MH327768.1) تهیه شده است. اثرات بازدارندگی این پپتید با شبیه سازی داکینگ مولکولی (In silico) ارزیابی شد. داده های پروتیین برای مسیر پیام رسان NF-кB از بانک داده های پروتیین (PDB) و UniProt جمع آوری شد. سپس، شبیه سازی برهم کنش (داکینگ) پپتید CLF36 با مسیر پیام رسان NF-кB در بالادست، سایتوکین های پیش التهابی (مانند TNF-α و IL-6) و در پایین دست، IKK-β وNF-κB-p65  سیتوپلاسمی با استفاده از نرم افزار آنلاین  ClusPro 2.0انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی بر اساس برهم کنش های مولکولی این پپتید با جایگاه فعال پروتیین های مسیر NF-кB نشان داد که ممکن است نقش تعدیل کنندگی و ضدالتهابی در فرآیندهای ایمنی را با اثر مهاری بر روی سایتوکین های TNF-α و IL-6 در بالادست و IKK-β و NF-κB-p65 در پایین دست مسیر پیام رسان NF-кB  داشته باشد. این نتایج مشابه با اثرات مهاری Infliximab،Camelid Fab، NEMO و GILZ بر روی مسیر پیام رسان NF-кB است. علاوه براین، این یافته ها ممکن است یک مبنای نظری برای مکانیسم های درمانی پپتید CLF36 فراهم کند.