راه اندازی سریع روش RT-LAMP جهت شناسایی SARS-CoV-2 با راهکار طراحی سازه ژنی

  ویروس سندروم حاد و شدید تنفسی 2 (SARS-CoV-2) همچنان یک چالش در نظام سلامت در سراسر جهان است. روش های تشخیص مولکولی از جمله روش تکثیر هم دما به واسطه حلقه با رونوشت برداری معکوس (RT-LAMP) می تواند به قطع زنجیره انتقال ویروس کمک کند. در این مطالعه، راه اندازی سریع این روش با استفاده از رویکرد طراحی سازه ژنی مورد بررسی قرار گرفت.

  در ابتدا روش RT-LAMP با استفاده از سازه های ژنی بعنوان کنترل مثبت راه اندازی و بهینه سازی شد و بطور همزمان برای آزمون های RT-LAMP و RT-PCR استفاده شد. ژن سنتزی مشتمل بر توالی پروموتر T7 و بخشی از توالی ژن های E ، RdRp، N  بروش مصنوعی سنتز ژن و سابکلونینگ در ناحیه کلونینگ پلاسمید pUC57 انجام شد و در سنتز مصنوعی RNA بکار رفت. در نهایت شرایط واکنش RT-LAMP بهینه و بر روی RNA بالینی بررسی شد.

  در ابتدا آزمون RT-LAMP با موفقیت برای تشخیص ویروس کرونا با استفاده از نسخه های RNA سنتزی راه اندازی شد. بدنبال آن آزمون به ترتیب بر روی نمونه های بالینی با زمان واکنش 35 و 40 دقیقه برای واکنش شماره 1 و 2 از RT-LAMP انجام شد. حد تشخیص 100 نسخه ژن هدف در هر واکنش برای این آزمون ها تعیین گردید.

  در این تحقیق، راه اندازی سریع روش RT-LAMP ابتدا بر روی سازه ژنی مشتمل بر ژن های کروناویروس صورت گرفت و اعتبارسنجی بطور همزمان به روش RT-PCR انجام شد. این راهکار انعطاف پذیر می تواند بعنوان یک راه حل کارآمد در جایی که نمونه بالینی ابتدائا در دسترس نیست با ورود ژن هدف مدنظر در ناحیه الحاقی سازه ژنی بکار رود.