آنالیز ترادف نوکلئوتیدی ناحیه 3 ژنوم جدایه های ویروس موزائیک رگه ای گندم در ایران

تعدادی جدایه ویروس موزائیک رگه ای گندم در مناطق مختلف ایران از گندم یا گیاهان دیگر جمع آوری و پس از تشخیص سرولوژیکی ویروس، ترادف ناحیه ترجمه نشدنی (UTR) در انتهای 3 ژنوم آن تعیین گردید. برای اینکار آر. ان. ای. ویروس با mRNA capture kit جذب و cDNA با آغازگر (oligo dT) RCF1 تهیه شد. در واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی WSM1/ WSM2 یک قطعه 251 نوکلئوتیدی در ناحیه 3 ژنوم تکثیر شد. قطعه تکثیر شده در پلاسمید pTZ57R/ T وارد و در باکتری E. coli DH5a همسانه سازی شد. پلاسمید همسانه سازی شده استخراج و ترادف قطعه وارد شده تعیین و با ترادف سایر جدایه های WSMV موجود در GenBank مربوط به اروپا، استرالیا، آمریکا و ترکیه با برنامه CLUSTAL همردیف سازی چندگانه (multiple alignment) شد و درخت فیلوژنتیکی ترسیم گردید. تشابه نوکلئوتیدی در برنامه MegAlign محاسبه گردید. براساس رابطه فیلوژنتیکی مشخص شد که کلیه سویه ها و جدایه های دنیا در چهار گروه قرار می گیرند. در این آنالیز جدایه های ایران در دو شاخته کاملا مجزا قرار گرفتند. جدایه های فلات مرکزی و جنوبی ایران یک گروه کاملا مستقل و جدایی در درخت فیلوژنتیکی تشکیل دادند و جدایه های ویروس از شمال غرب کشور همراه با استرین های اروپایی در گروه دیگری قرار گرفتند.براساس این آنالیز دو خط سیر تکاملی در ایران ویروس وجود دارد، یکی در شمال غرب کشور و دیگری در فلات مرکزی و جنوبی ایران. بر این اساس تمام جدایه های این ویروس جد مشترکی دارند و از منطقه هلال حاصلخیز سرچشمه گرفته اند و سپس به علت جدایی جغرافیایی در دو مسیر تکاملی واگرا شده اند. این نتایج می تواند در برنامه های یافتن ژنهای مقاوم و اصلاح گندم مفید باشد.