پتانسیل واکسنی پروتئین کپسید خارجی (VP4) روتاویروس کلون شده در پلاسمید

روتاویروسها عامل گاستروآنتریت کودکان زیر 5 سال هستند و سالانه موجب حدود 800000 مرگ می شوند. افزودن واکسن روتاویروس در برنامه ایمن سازی کودکان می تواند باعث کاهش قابل ملاحظه مرگ و میر کودکان به خصوص در کشورهای درحال توسعه شود. پروتئین VP4 خار کپسید خارجی روتاویروس بوده که روتاویروس توسط آن به گیرنده خود متصل می شود. پروتئین VP4 موجب تولید آنتی بادی خنثی کننده می شود. با در نظر گرفتن موارد فوق ما، ژن VP4 روتاویروس را در پلاسمید به منظور بیان VP4 در آینده کلون کردیم.
سلول BSC-1 به صورت تک لایه کشت داده شد. وقتی کشت سلولی CPE کامل روتاویروس را نشان داد سه مرتبه ذوب و فریز شد. روتاویروس توسط اولتراسانتریفیوژ نسبتا خالص گردید. پرایمرهای اولیگونوکلئوتیدی مخصوص قطعه 4 ژنوم روتاویروس که VP4 را کد می کند ساخته شد. ژنوم RNA ویروس استخراج و به عنوان الگو برای ساخت cDNA توسط ترانس کریپتاز معکوس استفاده گردید. سپس به وسیله PCR تکثیر داده و محصول PCR در ناقل پلاسمید کلون شد. پلاسمید حاصل با آنزیمهای محدودالاثر و تعیین توالی مورد تحلیل قرار گرفت.
نتیجه تعیین توالی به وسیله نرم افزار BLAST تحلیل شد که 100% با توالی قطعه شماره 4 روتاویروس موجود در بانک ژنی NCBI مشابه بود.
نتیجه تحلیل توالی تایید می کند که نوکلئوتیدهای ژن VP4 بعد از پاساژهای طولانی روتاویروس SA11 در آزمایشگاه ما ثابت مانده است.