پروتکل روش پالس فیلد ژل الکتروفورزیس برای تایپ بندی سویه های اوروپاتوژنیک اشریشیاکلی

ژل الکتروفورز در میدان ضربانی (pulsed field gel electrophoresis) یکی از بهترین روش هایی است که برای تیپ بندی و مطالعات اپیدمیولوژی در مناطق مختلف کاربرد دارد. این روش با قدرت تکرارپذیری و افتراق بالایی که دارد برای تمام پاتوژن های انسانی قابل استفاده می باشد. اما این روش بسیار حساس بوده و کوچک ترین تغییری در پارامترهای وابسته به آن باعث عدم نتیجه گیری درست می شود. با توجه به این موارد در مطالعه حاضر سعی شده است با استاندارد سازی بیش تر این روش و برطرف کردن اشکالات تکنیکی موجود در انجام آن به نتایج دقیق تری برای مقایسه سوش های مختلف در مطالعات اپیدمیولوژی دست یافت.
در تحقیق حاضر در راستای تعیین الگوی ژنتیکی سوش های اشریشیاکلی به وسیله پروتکل ژل الکتروفورز در میدان ضربانی، پارامتر های مختلفی از جمله غلظت DNA موجود در نمونه و رابطه آن با غلظت و طول مدت زمان مورد استفاده برای آنزیم ها مورد بررسی قرار گرفت.
پس از بررسی های مختلف، مناسب ترین چگالی نوری (Optical Density) سوسپانسیون باکتریایی در طول موج 610 نانومتر بین 7/0 -6/0 نانومتر، غلظت آنزیم XbaI 150 واحد و زمان مناسب تاثیر آنزیم پروتئیناز K هفت ساعت مشخص شد.
به نظر می رسد که متغیر های مورد استفاده در این مطالعه برای بهینه سازی روش میدان ضربانی از اساسی ترین متغیر ها در راه اندازی یک روش کارآمد می باشند. بنابراین با رعایت نکات گفته شده، این روش ملکولی بیش از گذشته به محققین در مطالعات اپیدمیولوژی و مقایسه بین سوش های مختلف کمک خواهد کرد.