بررسی مولکولی و فیلوژنتیکی جدایه های جنس Rhizopus بر اساس منطقه ITS و مناطق D1-D2 از DNA ریبوزومی

سی و هفت جدایه از جنس Rhizopus به دست آمده از میزبان های مختلف در استان های تهران، آذربایجان غربی، یزد و کردستان جهت مطالعات تاکسونومیکی مورد بررسی قرار گرفتند. منطقه ITS شامل ژن 5.8S و مناطق D1-D2 مربوط به DNA ریبوزومی با استفاده از جفت آغازگرهای ITS1/NL4 تکثیر شدند. محصولات تکثیر شده توسط PCR با استفاده از آنزیم های برشی HaeIII، RsaI، HinfI و MspI مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند و هفت جدایه نماینده، انتخاب شده و توالی یابی شدند. توالی های به دست آمده با 23 توالی از بانک ژن مقایسه شدند. براساس آنالیز فیلوژنتیک و محاسبه فاصله ژنتیکی جدایه های Rhizopus در سه گروه قرار گرفتند. بر اساس نتایج به دست آمده، سه گونه شناسایی شد: R. lyococcus، R. stolonifer var. stolonifer و R. oryzae. گونه R. lyococcus برای نخستین بار از ایران گزارش می شود. هر سه گونه شناسایی شده برای اولین بار از میزبان های هلو، شلیل، زردآلو، توت فرنگی، طالبی، خرمالو، آفتاب گردان و گوجه فرنگی از ایران جداسازی شده اند و گونه R. stolonifer var. stolonifer برای اولین بار از روی شلیل از دنیا گزارش می شود. در این تحقیق نشان داده شد که مناطق D2-D1 از بخش LSU در DNA ریبوزومی نسبت به منطقه ITS در فیلوژنی این جنس مناسب تر است.