فهرست مطالب

  • پیاپی 33 (زمستان 1397)
  • تاریخ انتشار: 1397/12/15
  • تعداد عناوین: 9
|
  • کژال فرهمندی، فاطمه تابنده* صفحات 9-22
    لیگنوسلولز متشکل از سلولز، همی سلولز و لیگنین است. سلولز و همی سلولز، ماکرو مولکول هایی از قندهای مختلف هستند، در حالی که لیگنین یک پلی مری آروماتیک تشکیل شده از پیش سازهای فنیل پروپانوئید است. هرچند ترکیب اصلی مواد لیگنوسلولزی را سلولز تشکیل می دهد که نسبت به تجزیه زیستی حساس است، اما این پلی ساکارید به طورمعمول در طبیعت به صورت فیزیکوشیمیایی به لیگنین باند شده است. ازآن جایی که لیگنین یک ترکیب مقاوم به تخریب زیستی است، تا حدودی سلولز را در مقابل حمله میکروبی محافظت می کند. اهمیت تجزیه لیگنوسلولز به دلیل کاربردهای فراوان آن ها در صنایع تبدیلی و استفاده از آن ها به عنوان مواد خام در صنایع مختلف بالاخص برای تولید فرآورده های زیستی گوناگون است. سویه های موثر در تخریب زیستی ترکیب های لیگنوسلولزی، باید دارای یک سیستم آنزیمی قوی و کارا برای تجزیه این ترکیب ها باشند. انواعی از سویه های قارچی متعلق به قارچ های پوسیدگی سفید به عنوان ریزسازواره های توانمند در این فرآیند معرفی شده اند. بااین حال پژوهش های وسیعی برای بهبود سویه های باکتریایی و قارچی تجزیه کننده لیگنوسلولز انجام شده است. علاوه بر روش های سنتی و قدیمی مانند جهش زایی، روش های نوین مبتنی بر دست ورزی ژنتیکی جهت بهبود سویه ها با هدف افزایش بهره دهی فرآیندهای صنعتی پیشنهاد شده اند. در این مقاله به شرح مختصری راجع به این روش ها پرداخته شده و مثال هایی از هریک برای بهبود سویه های تجزیه کننده ترکیب های لیگنوسلولزی ارائه گردیده است.
    کلیدواژگان: ترکیب های لیگنوسلولزی، تجزیه زیستی، بهبود سویه، دست ورزی ژنتیکی، جهش زایی، ادغام پروتوپلاست
  • ساجدهسحری، شهلامحمدگنجی*، مجتبیسهرابی، عطیهسلیقه صفحات 23-29
    مقدمه و هدف
    یکی از مهمترین عوامل در ایجاد سرطان کولورکتال، باکتری ها و توکسین های حاصله از آنها است. برخی سویه های E.coli که دارای مجموعه ژنی PKS هستند، قادرند ژنوتوکسینی به نام کلی باکتین (Colibactin) را تولید کنند. کلی باکتین درباکتری هایPKS مثبت با فعال شدن مسیر سیگنالینگ، باعث آسیب بهDNA و درنتیجه گسترش تومور (مانند سرطان کولورکتال) می شود.
    بررسی مولکولی ژن های clbSو clbA ( دو ژن از ژن های جزیره ژنی PKS) در باکتری های E .coliجدا شده از بافت های توموری کولورکتال می باشد.
    مواد و روش ها
    بدین منظور79 نمونه بیوپسی از بافت روده بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال، پس از اخذ پرسشنامه و رضایت نامه تهیه گردید. با روش های میکروبی و بیوشیمیایی باکتری E.coli جداسازی و شناسایی شد. سپس سویه ها از نظر وجود ژن های clbA وclbS با روش PCR، ارزیابی شد.
    یا فته ها: باکتری های E.coli ایزوله شده از نظر تست های بیوشیمیایی موتیلیتی، متیل رد، اندول و تی اس آی مثبت و برای تست های سیترات و اوره منفی بودند. نتایج آزمایش PCR نشان داد، برای ژن ویرولانس clbA از بین 79 سویه مورد بررسی، در 66.67% از افراد نرمال ، د ر40.91% از بیماران التهابی روده بزرگ و59.09% از مبتلایان به سرطان کولورکتال مثبت بود و برای ژن ویرولانس clbS در 50% از افراد نرمال و بیماران التهابی روده بزرگ و 58.62% از مبتلایان به سرطان کولورکتال مثبت بود و 27.8% نمونه ها، واجد هر دو ژن(clbA/clbS) بود.
    بحث: هر دو ژن clbSو clbA جزو ژن های ضروری جزیره ژنی PKS می باشند. با توجه به نتایج به دست آمده و اهمیت کلی باکتین و رابطه آن با ایجاد سرطان کولورکتال، مطالعه کامل تر در این زمینه ضروری به نظر می رسد.
    کلیدواژگان: سرطان کولورکتال، اشریشیا کلی، ژن های clbAوclbS، کلی باکتین
  • مریم حفیظی، بابک خیرخواه، جواد نصر، کیومرث امینی* صفحات 31-37
    سابقه و هدف
    سالمونلوز یکی از بیماری های مهم مشترک بین انسان و حیوان است که پراکندگی جغرافیایی بسیار وسیعی دارد. از مهم ترین منابع آلودگی سالمونلا در انسان سبزی ها، فرآورده های لبنی، محصول های دریایی، مواد گوشتی به ویژه گوشت ماکیان، تخم مرغ و فرآورده های جانبی آن ها است. روش های استاندارد مبتنی بر کشت باکتری برای تشخیص گونه های سالمونلا حساس ولی زمان بر است. PCR از حساسیت و دقت بالایی برای شناسایی عوامل عفونی برخوردار است. ژن hilA از ژن های رمز کننده پروتئین های تنظیم کننده نسخه برداری و از ژن های با حفاظت ژنتیکی بالا است که می توان از آن در جهت شناسایی سالمونلا بهره برد. هدف از این تحقیق، شناسایی باکتری سالمونلا در مدفوع شترمرغ بر پایه وجود ژن hilA به کمک روش PCR و بررسی اختصاصیت این روش در مقایسه با روش های متداول است.
    مواد و روش ها
    500 نمونه از مدفوع شترمرغ های منطقه سیرجان که پیش تر برای تشخیص سویه های سالمونلایی مورد بررسی کشت های افتراقی و تست های بیوشیمیایی قرار گرفته بود برای آزمون حضور ژن hilA استفاده شد. DNA باکتری ها از نمونه های مدفوع شترمرغ ها بعد از حل کردن مدفوع در محیط کشت و 24 ساعت نگهداری در دمای 37 درجه سلسیوس، استخراج گردید و به کمک PCR و استفاده از پرایمرهای اختصاصی جهت بررسی حضور ژن hilA مورد ارزیابی قرار گرفتند.
    یافته ها
    بررسی وجود ژن hilA از میان 500 نمونه مدفوع نشان داد که در 38 نمونه مدفوع، باکتری سالمونلا حضور دارد که با نتایج آزمون استاندارد برای شناسایی سالمونلا مطابقت داشت. قابل ذکر است که نتایج حاصل از بررسی ژن hilA در همان نمونه هایی مثبت بود که حضور باکتری سالمونلا قبلا توسط آزمون های استاندارد تایید گردیده بود.
    نتیجه گیری
    نتایج به دست آمده نشان می دهد که بررسی ژن hilA با استفاده از PCR و پرایمرهای اختصاصی می تواند روشی جایگزین با سرعت و دقت بالا و هزینه به نسبت پایین برای تشخیص باکتری سالمونلا در میان نمونه های مدفوع پرندگان باشد. با توجه به این که شیوع عفونت های سالمونلایی در میان پردنگان و ماکیان به نسبت بالا است شناسایی این عفونت ها با سرعت و دقت بالا اهمیتی ویژه ای دارد. این مطالعه نشان داد که بررسی ژن hilA با استفاده از روش PCR می تواند در این زمینه موثر باشد.
    کلیدواژگان: سالمونلا، شترمرغ، ژنhilA، PCR
  • محسن محمدی، محسن جعفری، مرتضی حیدری، حمید اسحاقی، اباذر پورنجف، رامین کفشگری، مهرداد غلامی، کتایون برهانی، محمود خدابنده* صفحات 39-48
    سابقه و هدف
    هدف از مطالعه حاضر، بررسی مقاومت به سطح بالای جنتامایسین و ژن های کدکننده آنزیم های تغییردهنده آمینوگلیکوزید در انتروکوکوس فکالیس و انتروکوکوس فیسیوم جداشده از عفونت زخم سوختگی بود.
    مواد و روش ها
    پس از شناسایی سویه های انتروکوکوس فکالیس و انتروکوکوس فیسیوم، آزمون حساسیت آنتی بیوتیکی انجام شد. به منظور شناسایی سویه های HLGR از دیسک های جنتامایسین استفاده شد. آزمون PCR به منظور شناسایی ژن های کدکننده AMEs انجام گردید.
    یافته ها
    از مجموع 114 جدایه انتروکوکوس، تعداد 1/56 % سویه HLGR بودند. تمامی سویه های HLGR واجد ژن aac(6ʹ)-Ie -aph(2ʹʹ)-Ia بودند. 9/1 % از سویه های HLGR انتروکوکوس فیسیوم حامل ژن aph(2′′)-Id بودند.
    نتیجه گیری
    داده های ما نشان داد که مقاومت به جنتامایسین در عفونت زخم سوخته در بیمارستان ما شیوع بالایی دارد. مسئول اصلی بروز مقاومت به جنتامایسین در مطالعه حاضر، ژن aac (6') -Ie -aph (2'') –Ia است.
    کلیدواژگان: جنتامایسین، آنزیم های تغییردهنده آمینوگلیکوزید، انتروکوکوس فکالیس، انتروکوکوس فیسیوم، زخم سوختگی
  • نازنین موذن پور، منیر دودی، سیما یحیی آبادی* صفحات 49-60
    سابقه و هدف
    گونه های باکتریایی خاک که در ریزوسفر گیاهان زندگی می کنند قادرند رشد گیاهان را بهبود بخشند. در همزیستی گیاهان خانواده لگوم با باکتری های جنس ریزوبیوم علاوه بر این که بخش اصلی نیتروژن تثبیت شده به مصرف گیاه می رسد، خاک نیز از لحاظ نیتروژن تقویت می شود. در این پژوهش هدف غربالگری سه سویه ریزوبیوم بر میزان رنگیزه های فتوسنتزی گیاه لوبیا چشم بلبلی (Vigna unguiculata) تحت تنش نیکل بود.
    مواد و
    روش
    دراین مطالعه دو نمونه استاندارد ریزوبیوم با کدهای PTCC 1654) ( و (PTCC 1684) و سویه جداسازی شده از گره و انجام دادن مراحل PCR روی آن و تعیین سویه به همراه نیکل به گیاه لوبیا چشم بلبلی تلقیح شد سپس از باکتری ها سه غلظت CFU/ml 108 و 107 ، 106 × 5/1 تهیه و نیکل در سه غلظت 200 ،400 و 600 میکرومولار تلقیح شد. نمونه ها بعد از گذشت 10 روز مورد بررسی قرار گرفت. این آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب یک طرح کاملا تصادفی در سه تکرار اجرا شد. در پایان دوره ، میزان رنگیزه های فتوسنتزی گیاه اندازه گیری شد و با استفاده از نرم افزار 19SPSS/ مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفت.
    یافته ها
    نتایج به دست آمده نشان داد که، مایه تلقیح سویه جداسازی شده از گره با غلظت CFU/ml107 × 5/1 با 200 میکرومولار نیکل باعث افزایش رنگیزه های فتوسنتزی (کلروفیل a، کلروفیل b، کلروفیل کل) در گیاه شده بود.
    نتیجه گیری
    یافته های حاصل از این پژوهش نشان داد که، افزایش میزان رنگیزه های فتوسنتزی می توانست ناشی از ریشه دوانی گیاه در نتیجه تولید اکسین و بالا رفتن میزان جذب آب و عناصر غذایی مورد نیاز گیاه باشد.
    یافته های حاصل از این پژوهش نشان داد که، باکتری محرک رشد جداسازی شده از گره بر میزان رنگیزه های فتوسنتزی بیوشیمیایی گیاه لوبیا چشم بلبلی(Vigna unguiculata) تحت تنش نیکل موثر بود.
    کلیدواژگان: ریزوبیوم، نیکل، لوبیا چشم بلبلی، PCR
  • مریم غلامی، عباسعلی رضاییان* صفحات 61-70
    هدف
    استافیلوکوکوس اورئوس دومین عامل رایج ایجاد کننده عفونت های بیمارستانی است. این باکتری می تواند از طریق انتقال عمودی و افقی ژن های مقاومت زا را جابه جا نماید. هدف از این مطالعه، بررسی فراوانی مقاومت آنتی بیوتیکی ، فراوانی ژن هایpvl[1] و[2]hla که در جزایر بیماری زایی(SaPIs)[3] قرار گرفته اند و روابط معنی دار بین آن ها است.
    مواد و.
    روش ها
    در این مطالعه مقطعی- توصیفی طی 3 ماه 107 نمونه باکتری های گرم مثبت مشکوک به جنس استافیلوکوک از بیماران مبتلا به عفونت مجاری ادراری جمع آوری شد. از تست های فنوتیپی و پرایمرهای اختصاصی ژن16S rRNA و ژن coa با استفاده از روش مولکولی PCR، برای جداسازی جنس و گونه استافیلوکوکوس استفاده گردید. سپس فراوانی ژن های hla و pvlبا استفاده از پرایمرهای اختصاصیدر جدایه های استافیلوکوکوس اورئوسمورد ارزیابی قرار گرفتند. حساسیت آنتی بیوتیکی استافیلوکوکوس اورئوس ها جدا شده به13آنتی بیوتیک مختلف از طریق روش دیسک دیفیوژن و بر اساس جداول CLSI مورد بررسی گرفت و در آخر برای سویه های مقاوم به متی سیلین تست MIC گذاشته شد.
    نتایج
    باتوجه به تست های فنوتیپی و ژنوتیپی، 50 جدایه به عنوان استافیلوکوکوس اورئوس تشخیص داده شد. نتایج تست آنتی بیوگرام نشان داد که بیش ترین مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های پنی سیلین (%100) و متی سیلین (%100) و کم ترین مقاوت نسبت به آنتی بیوتیک های جنتامایسین (%5) و ایمی پنم (%4) بوده است. نتایج تست MIC نشان داد که مقدار تاثیرگذار آنتی بیوتیک متی سیلین به بیش ازμl/m l8 افزایش پیدا کرده است که این مقدار 4 برابر بیش از حد استاندارد است. مطالعه نتایج مقاومت آنتی بیوتیکی نشان داد که همه جدایه های استافیلوکوکوس اورئوسجزء گروه MDRهستند. هم چنین نتایج PCRنشان داد که 94% جدایه ها حامل ژن hla و 20% نیز حامل ژنpvl هستند.
    بحث: نتایج حاصل از این تحقیق افزایش بیش از حد مقاومت آنتی بیوتیکی را دربین سویه های استافیلوکوکوس اورئوس جدا شده از مجاری ادراری نشان می دهد. همراهی ژن های موجود در جزایر بیماری زایی هم چون hla و pvl می تواند بر وخامت موضوع افزوده و درمان عفونت این گونه باکتریایی را با دشواری روبرو نماید.
    کلیدواژگان: استافیلوکوکوس اورئوس، جرایر بیماری زایی، pvl، hla، coa
  • مریم علیزاده، حسین سازگار*، نوشا ضیاء جهرمی، فرزانه محمدی فارسانی صفحات 71-78
    سابقه و هدف
    این بررسی به منظور مطالعه تاثیر پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs137852595 موجود در ژن کدکننده گیرنده آندروژن بر مقاومت دارویی بیماران دارای سرطان پروستات به داروی آنزالوتامید طراحی شده است.
    مواد و روش ها
    در این پژوهش از 50 بیمار مبتلا به سرطان پروستات دارای مقاومت دارویی و 50 بیمار مبتلا به سرطان پروستات بدون مقاومت دارویی جهت انجام آنالیز ARMS-PCR استفاده شد و فراوانی آللی با استفاده از دو سرور Genepop و SISA انجام شد. در نهایت برهم کنش دارو و گیرنده با استفاده از روش داکینگ مورد ارزیابی قرار گرفت.
    یافته ها
    بررسی نتایج نشان داد که فراوانی آللی پلی مورفیسم rs137852595 در گروه مقاوم به دارو برای آلل سالم (آلل C) برابر با 70/0 و برای آلل جهش یافته (آلل T) برابر 30/0 است. در گروه کنترل فراوانی آللی برای آلل سالم 92/0 و برای آلل جهش یافته 08/0 به دست آمد.
    نتیجه گیری
    بررسی نتایج به دست آمده نشان دهنده ارتباط معنادار بین وجود پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs137852595 و مقاومت دارویی است (P-Value = 0.005). به علاوه نتایج حاصل از روش داکینگ نشان داد که در افراد دارای این پلی مورفیسم، دارو به صورت صحیح به جایگاه فعال گیرنده آندروژن متصل نمی گردد و در نتیجه از میزان انرژی اتصال دارو به گیرنده آندروژن کاسته می شود.
    کلیدواژگان: سرطان پروستات، پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی، آنزالوتامید، مقاومت دارویی، داکینگ
  • فهیمه عزتی زاده، سویار ساری، اردشیر حسام پور* صفحات 79-86
    سابقه وهدف
    مطالعه های اخیر بر نقش کلیدی برخی ازRNA های غیر رمزگذاری شده در شدت بیماری و حتی تشخیص زودهنگام سرطان تاکید دارند. هدف تحقیق حاضر بررسی ارتباط سرطان اپیتلیال تخمدان با miR-196a-2 است.
    مواد و روش ها
    در این پژوهش میزان کمی بیان مولکول miR-196a-2 در نمونه بافت50 نفر از افراد بیمار و 50 فرد سالم بررسی شد. مطالعه در حضور ژن GAPDHبه عنوان کنترل با استفاده از روش qRT-PCR انجام شد.
    یافته ها
    نتایج نشان داد که میزان بیان miR-196a-2 در سلول های سرطانی تخمدان در مقایسه با بافت نرمال افزایش یافته است این مساله ارتباط معناداری بین سن، grade وstage با بیان miRNA-196a-2 را نشان می دهد.
    نتیجه گیری
    میزان کمی بیان micRNA به عنوان فاکتور احتمالی موثر در سرطان تخمدان به عنوان بیومارکر در تشخیص سرطان تخمدان در نمونه های خونی به عنوان روشی غیرتهاجمی و کمی استفاده شد.
    این آزمایش گویای افزایش معنادار miR-196a-2 در افراد بیمار بوده، این امر به احتمال سبب مهار فعالیت ژن های سرکوب کننده تومور می گردد. لذا بررسی کمیmiR-196a-2 می تواند به عنوان بیومارکر برای تشخیص زودهنگام و غربال گری نمونه ها در سرطان تخمدان کاربری داشته باشد.
    کلیدواژگان: سرطان اپیتلیال تخمدان، miR-196a-2، qRT-PCR
  • لیدا کوشش، منیره موحدی، کمال یاوری* صفحات 87-98
    سابقه و هدف
    مطالعه های اخیر نشان می دهد که کاهش طبیعی میزان دوتریم می تواند منجر به مهار رشد تومور در هر دو مدل in vitro و in vivo شود. هدف از این مطالعه بررسی اثر آب تهی شده از دوتریوم (DDW) تنها و در ترکیب با 5-FU بر روی رشد و سیستم آنتی اکسیدانی سلول های سرطان سینه است.
    مواد و روش ها
    آزمایش سمیت سلولی با استفاده از روش MTT انجام شد. سلول های MCF-7 با غلظت های مختلفی از DDW تنها، 5-FU تنها و هر دو تیمار شدند. سطح مالون دی الدئید و فعالیت آنزیم های کاتالاز و سوپر اکسید دیسموتاز به روش اسپکتروفتومتری انجام گردید. آنالیز واریانس یک طرفه (ANOVA)و t-Test برای تجزیه و تحلیل آماری استفاده شدند. P ≤ 0.05 سطح معنی داری در نظر گرفته شد.
    یافته ها
    تیمار سلول ها با غلظت های مختلف DDW تنها به ویژه در غلظت های 100 و ppm 125 باعث مهار رشد سلول هایMCF-7 گردید. 5-FU تنها نیز به طور قابل توجهی میزان بقاء سلول های MCF-7 را کاهش داد و استفاده از DDW به همراه 5-FU اثر مهاری 5-FU بر روی سلول ها را افزایش داد. در مقایسه با گروه کنترل (ppm 150)، مشاهده گردید که در سلول های تیمار شده با غلظت های پایین تر DDW، فعالیت آنزیم های کاتالاز و سوپراکسید دیسموتاز افزایش ولی سطح مالونیل دی آلدهید کاهش یافته است.
    نتیجه گیری
    آب تهی شده از دوتریوم می تواند به عنوان یک کمک کننده در داروهای ضد سرطان در نظر گرفته شود.
    کلیدواژگان: آب تهی شده از دوتریوم، سرطان سینه، آنزیم های آنتی اکسیدان، مهار رشد سلولی، MTT
|
  • Kajal Farahmandi, Fatemeh Tabandeh* Pages 9-22
    Lignocellulose is composed of cellulose, hemicellulose and lignin. Cellulose and hemicellulose are macromolecules of various sugars, while lignin is an aromatic polymer that made of phenylpropanoid precursors. Although cellulose, the main component of lignocellulose, is sensitive to biological degradation, but this polysaccharide is usually physicochemically bound to lignin in nature. Lignin is resistance to biodegradation and can protect cellulose against microbial attack. Lignocellulose degradation is important because has many applications in different industrial process and is used as raw material for production of the variety of biological products in different industries. Those strains employed in lignocellulose biodegradation, must have a strong and efficient enzymes in order to degrade these compounds. Some fungal strains belonging to white rot fungi are known as efficient microorganisms for degradation of lignocellulosic compounds. However, extensive researches have been carried out to improve bacterial and fungal strains for degradation of lignocellulosic compounds. In addition to the old and traditional methods such as mutagenesis, new strain improvement methods based on genetic modification have been proposed in order to increase the productivity of industrial processes. In this article, these kinds of methods have been explained in brief and some examples have been presented to show their applications for improvement of those strains are capable of degrading lignocellulosic compounds.
    Keywords: lignocellolosic compounds, biodegradation, strain improvement, genetic manipulation, mutation, protoplast fusion
  • sajedeh sahari, mojtaba sohrabi, atiyeh saligheh, shahla mohammad ganji* Pages 23-29
    Background and Aim
    One of the most important factors in the development of colorectal cancer(CRC) is the bacteria and their toxins. Some strains of E. coli have the PKS gene island, which produces exotoxin called colibactin. Colibactin causes damage to the DNA and leads to the development of tumor in colorectal cancer by activating the signaling pathway. The purpose of this study was the investigation of clbS and clbA genes (two genes in the PKS Island) in E .coli isolated from colorectal tumor tissues.
    Materials and Methods
    For this purpose, 79 biopsy samples from tissue of patients with CRC were prepared after receiving a questionnaire and consent form. By microbial and biochemical methods, these E. coli were isolated and identified and then these bacteria were evaluated for the presence of clbA and clbS genes by PCR method.
    Results
    E.coli isolated were positive in point of biochemical tests; Motility, Indol, TSI, and MR tests and negative for Citrate and Urea tests. The molecular results showed the frequency of 66.67% , 40.91% and 59.09% for clbA in normal subjects, the patients with IBD and CRC patients respectively. Moreover the frequency of 50%, 58.62% and 27.8% for the clbS gene in normal subjects, the patients with IBD and CRC patients respectively. Also 27.8% of the samples had both genes (clbA / clbS).
    Discussion
    Both the clbS and clbA genes are among the essential genes of the PKS Island. Considering these results and the importance of colibactin and its relation with colorectal cancer, seems the more studies in this regard is necessary.
    Keywords: colorectal cancer, E.coli, clbA, clbS, Colibactin
  • maryam hafizi, babk kheirkhah, javad nasr, kiumars amini* Pages 31-37
    Aim and Background
    Salmonellosis is one of the major common human and animal diseases with wide geographical distribution. The most important sources of Salmonella infection in humans are vegetables, dairy products, marine products, meat products (especially poultry meat), and eggs and their products. Standard methods for the detection of Salmonella species are sensitive but time consuming. Therefore, faster methods in this field are required. PCR is a sensitive and specific method for identification of infectious agents. HilA as a highly protected encoding transcription regulation gene can be used for confirmation of Salmonella. The aim of this study is the identification of Salmonella bacteria in ostrich feces by investigation of hilA gene in genomic DNA using PCR and also evaluation of its specificity in comparison with other common techniques.
    Material and
    methods
    500 ostrich feces samples that have previously been investigated for Salmonella by differential-selective cultivation and biochemical tests were used for study of hilA gene presence test. DNA was extracted from feces samples after solvation of feces in culture medium and incubation in 37 ˚C for 24 hours. Then, PCR was performed by hilA specific primers to investigate presence of hilA gene.
    Results
    The investigation of presence of hilA gene among 500 Sirjan’s ostrich feces samples showed that there are 38 feces samples infected by Salmonella which was in agreement with the results of standard tests for Salmonella. It is noteworthy to mention that hilA gene was present in those samples that Salmonella had been identified by standard tests.
    Conclusion
    The results showed that the investigation of hilA gene by PCR using specific primers could be an alternative method for recognition of Salmonella in poultry facet with high accuracy and speed, and also low costs.
    Keywords: Salmonella, ostrich, hilA gene, PCR
  • Mohsen Mohamadi, Mohsen Jafari, Morteza Heidari, Hamid Eshaghi, Abazar Pournajaf, Ramin Kafshgari, Mehrdad Gholami Pages 39-48
    Aim and Background: The aim of this study was to survey of High-level resistance to gentamicin and aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs) encoding genes in Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from burn wound infection.
    Material and methods
    Antibiotic susceptibility test was performed after identification of E. faecalis and E. faecium strains. In order to detect HLGR strains, gentamicin disks were used. PCR test was performed to identify the AMEs-encoding genes.
    Results
    Of 114 isolates of Enterococcus, 56.1% of the strains were HLGR. All HLGR strains have the aac (6') -Ie -aph (2'') -Ia gene. 1.9% of the HLGR E. faecium strains carried the aph (2 ") -Id gene.
    Conclusions
    Our data showed that a high prevalence of resistance to gentamicin in burned wound infection in our hospital. The main responsibility for the resistance to gentamicin in the present study was the aac (6 ') -Ie -aph (2'') -Ia gene.
    Keywords: Gentamicin, Aminoglycoside modifying enzymes, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Burn wound
  • Nazanin Moazzenpour, Monir Doudi, Sima Yahyaabadi* Pages 49-60
    Aim and
    Background
    Bacteria types that live in the plants rhizosphere can improve the plants growth via taking advantage. In coexistence of leguminous plants with rhizobium bacteria, in addition to the fact that the main part of nitrogen is stabilized, the soil is also strengthened in terms of nitrogen. The purpose of this study was Three-Rhizobia Screening On the amount of photosynthetic pigments of The Cowpea (Vigna Unguiculata) Plant Which Was Under Nickel Stress.
    Materials and methods
    In this study, two standard samples of Rhizobium (PTCC 1654) (and (PTCC 1684) and strain isolated from the node were performed and PCR steps were performed on it and the strain as well as nickel was inoculated with clove bean plant. To do so, the samples in three bacterial concentrations, namely 1.5 × 106 CFU/ml, 1.5 × 107 CFU/ml and 1.5 × 108 CFU/ml, and nickel in three concentrations of 200, 400 and 600 µM were inoculated. The samples were studied after ten days. The experiment was implemented in a factorial manner within the format of a completely randomized plot in three iterations. At the end of the period, the amount of the photosynthesis pigments was statistically analyzed by making use of SPSS software ver.19. Generally.
    Results
    The results showed that the concentration of inoculant strains isolated from node 1.5 × 107 CFU/ml and 200 mM nickel increased photosynthetic pigments (chlorophyll a, chlorophyll b, chlorophyll) in the plant.
    Discussion and
    conclusion
    Finally, it can be concluded that the use of growth promoting bacteria isolated from nodules on plant biochemistry of photosynthetic pigments cowpea (Vigna unguiculata) nickel was effective stress.
    Keywords: Rhizobium, Nickel, Photosynthesis Pigments, PCR
  • maryam gholami, abasali rezaeian* Pages 61-70
    Aim and Background
    Staphylococcus aureus is the second common factor in hospital infections. The bacteria can move the genes from the vertical and horizontal transmission of the genes. the aim of this study is to investigate the frequency of antibiotic resistance, the frequency of pvl and hla genes located in the pathogenicity Islands and significant relationship between them.
    Materials and Methods
    In this cross-sectional study in 3 months, 107 samples of gram-positive bacteria were collected from infected patients infected with infections of the urinary tract. phenotypic tests and the gene-specific primers of the 16S rRNA gene and coa gene were used to separate sex and Staphylococcus aureus using the PCR molecular method. the frequency of genes hla and pvl genes were then evaluated using specific primers in Staphylococcus aureus isolates. antibiotic susceptibility of Staphylococcus aureus isolated to 13 different antibiotics has been studied through diffusion method based on CLSI tables, and in the end, there is a MIC test for the resistant strains.
    Results
    According to phenotypic and genotypic tests, 50 isolates were detected by Staphylococcus aureus. the results of antibiogram test showed that the most resistance to penicillin 100 % and methicillin 100 % and the minimum resistance was to gentamicin 5 % and Imipenem 4 %. the results of the MIC test showed that the effective antibacterial value has increased to more than 8μl/ml, which is 4 times as standard. the study of the results of antibiotic resistance showed that all isolates of Staphylococcus aureus were among the MDR group. the PCR results showed that 94 % of the isolates contained hla gene and 20 % of them had pvl genes.
    Conclusion
    the results of this study show an increasing amount of antibiotic resistance among strains of Staphylococcus aureus isolated from the urinary tract. The inclusion of genes on the pathogenicity islands such as hla and pvl can affect the deterioration of the subject and the treatment of infection of the bacterial genus.
    Keywords: Staphylococcus aureus, Pathogenicity Island, pvl, hla, coa
  • maryam alizadeh, hosein sazgar*, nosha ziya jahromi, farzaneh mohammadi farsani Pages 71-78
    Aim and
    Background
    The aim of this study is to determine the role of rs137852595 single-nucleotide polymorphism in the resistance of androgen receptor against Enzalutamide treatments in patients suffer from prostate cancer.
    Material and
    methods
    In this paper, we performed the ARMS-PCR analysis on androgen receptor coding gene in 50 patients with prostate cancer with drug resistance and 50 patients with prostate cancer without drug resistance. Blood samples were gathered from patients admitted to Omid and al-Zahra hospitals of Isfahan province.
    Results
    The C and T allele frequencies in rs137852595 were 0.70 and 0.30 for drug resistant and 0.92 and 0.08 for control groups. In addition, investigation of gene heterozygosity revealed that the marker was in Hardy-Weinberg equilibrium.
    Conclusion
    The findings showed that there is a meaningful relationship between drug resistance and rs137852595 single-nucleotide polymorphism existence (P-Value = 0.005). Furthermore, results from studying of the drug resistance mechanism using the docking technique indicated that in patients with rs137852595 single-nucleotide polymorphism, the drug is not accurately bonded to the active site of androgen receptor, and binding energy of drug to the receptor is reduced.
    Keywords: Prostate cancer, Single nucleotide polymorphism, docking.
  • Fahimeh Ezzatizadeh, Soyar Sari, Ardeshir Hesampour* Pages 79-86
    Aim and
    Background
    Current studies emphasize the key role of some non-coding RNAs in regulating the severity of different diseases as well as early diagnosis of various cancers. The aim of this study is to investigate the relation of ovarian cancer with miR-196a-2 expression level.
    Material and
    method
    In this study the expression of miR-196a-2 in 50 ovarian cancer patients and 50 control tissue sample were quantitatively investigated with quantitative reverse transcription PCR (qRT-pc) technique. The GAPDH gene was used as internal control gene.
    Result
    Assessment of quantitative comparison showed that the miR-196a-2 expression level increased significantly in ovarian cancer patient in compare with control population. Increased miR-196a-2 probably effect through inhibiting the activity of tumor suppressor genes.
    Conclusion
    Based on miR-196a-2 expression level variation in tissue samples and quantitative increment in ovarian patients. We consider that evaluation of miR-196a-2 expressing level could be important role in investigation of ovarian cancer patients and could be use as biomarker to screen and early diagnosis of ovarian cancer patients.
    Keywords: Ovarian epithelial cancer, miR-196a-2, qRT-PCR
  • Lida Koshesh, Monireh Movahedi, Kamal Yavari* Pages 87-98
    Aim and
    Background
    Recent studies show that the depletion of naturally occurring deuterium can result in tumor regression in both in vitro and in vivo models. The purpose of this study was to investigate the effect of deuterium depleted water (DDW) discretely and in combination with 5-FU on cell growth and anti-oxidant system of breast cancer cells.
    Mateial and
    Methods
    The cellular cytotoxicity test was performed using MTT assay. The MCF-7 cells were treated with decreasing deuterium concentrations of DDW alone, 5-FU alone and both. The malondialdehyde (MDA) level and the catalase (CAT) and superoxide dismutase (SOD) enzyme activities were identified spectrophometrically. One way analysis of variance (ANOVA) and t- test were used for statistical analysis. P ≤ 0.05 was considered significant.
    Results
    Treatment the cells with different concentrations of DDW alone especially in concentrations of 100 and 125ppm imposed growth inhibitory effect on MCF-7 cells. Also, 5-FU alone significantly decreased the survival fractions of MCF-7 cells and DDW in combination with 5-FU augmented 5-FU inhibitory effects on the cells. Compared to the control group (150 ppm), it was observed that in the cells treated with Lower concentrations of DDW, the activities of catalase and superoxide dismutase enzymes increased, but the level of malonyldialdehyde decreased.
    Conclusion
    Deuterium depleted water can be considered as an adjuvant in anticancer drugs.
    Keywords: Deuterium Depleted Water, Breast Cancer, Anti-Oxidants Enzymes, Cell Growth Inhibition, MTT