فهرست مطالب
Journal of Pathobiology Reaearch
Volume:10 Issue: 1, 2007
- 96 صفحه، بهای روی جلد: 28,000ريال
- تاریخ انتشار: 1386/02/25
- تعداد عناوین: 9
-
-
صفحات 1-7هدفمالاریا یکی از مهمترین بیماری های مناطق گرمسیری در جهان بشمار می آید که علاوه بر شیوع فراوان باعث مرگ و میر انسانها می گردد. تشخیص گونه های عامل این بیماری، مبتنی بر روش های بالینی، پارازیتولوژیکی، بیوشیمیایی، سرولوژیکی و مولکولی است. هدف از مطالعه حاضر، مقایسه روش های تهیه گسترش خونی و مولکولی برای تشخیص گونه های پلاسمودیوم است.مواد و روش هااز 46 نمونه خون مثبت مالاریایی، که با گسترش های نازک و ضخیم مشخص شده، DNA انگل، استخراج و قطعه ای از ژن S18 از RNA ریبوزومی با استفاده از آغازگرهای طراحی شده تکثیر گردید و با کمک از آنزیم هایHinf I،Hae III و Tsp45 I قطعه برش داده شد.نتایجطبق نتایج بدست آمده، از 46 نمونه خون مثبت، با بررسی گسترش های نازک، 35 مورد پلاسمودیوم ویواکس و 11 مورد پلاسمودیوم فالسی پاروم تشخیص داده شد؛ در حالی که با روش مولکولی، 2 مورد از 11 مورد پلاسمودیوم فالسی پاروم، به عنوان پلاسمودیوم ویواکس و 3 مورد از 35 مورد پلاسمودیوم ویواکس به عنوان پلاسمودیوم فالسی پاروم، مشخص شد.نتیجه گیریروش PCR-RFLP در مقایسه با گسترش خونی، روشی بسیار مناسب تر و حساس تر برای تفکیک گونه های پلاسمودیوم است.
کلیدواژگان: تشخیص مالاریا، پلاسمودیوم ویواکس، پلاسمودیوم فالسی پاروم، PCR، RFLP -
صفحات 9-16هدف
ویروس نقص ایمنی اکتسابی نوع یک (HIV-1)، عامل ایجاد کننده نشانگان نقص ایمنی اکتسابی انسانی (AIDS) می باشد و تشخیص ژن ویروس HIV-1 در نمونه های مشکوک مدرکی جهت تشخیص عفونت است. انتقال بیماری از طریق انتقال خون در دوره پنجره در مراکز انتقال خون، یک معضل جهانی محسوب می شود. علاوه بر این، نیاز مبرمی برای تشخیص سریع، حساس و دقیق عفونت HIV-1 قبل از ظهور پادتن در بدن فرد آلوده در بیمارستان ها، مراکز بهداشتی و در نوزادان متولد شده از مادران آلوده وجود دارد.
مواد و روش هاروش سریع و حساس تراشه ویژوال DNAبا کمک RT-Nested PCR و روش و سیستم نشانگر آنزیم- سوبسترا بکار گرفته شد. در ابتدا پس از طراحی و راه اندازی روش RT-Nested PCR و اطمینان از به دست آمدن محصول مورد نظر، با استفاده از dNTP نشان دار شده و با ماده دیگوکسی ژنین، روش یاد شده طراحی گردید. محصول به دست آمده بر روی تراشه، که از قبل مراحل آماده سازی آن انجام شده و کاوشگر به آن متصل گردیده بود، تحت شرایط هیبریداسیون قرار گرفت. پس از شستشوی تراشه، با آنتی بادی ضد دیگوکسی ژنین که با آنزیم آلکالین فسفاتاز، کونژوگه شده بود نزدیک کرده و پس از شستشو، در حضور سوبسترای BCIP/NBT واکنش انجام گرفت. تولید رنگ ارغوانی، نشانه بر مثبت بودن آزمایش و حضور ژن ویروسی در آن نمونه می باشد و عدم تغییر رنگ مبنی بر منفی بودن آزمایش است.
نتایج35 نمونه سرمی از مراحل مختلف عفونت (ایدز، علامت دار و بدون علامت) و 20 نمونه سرمی تایید شده منفی، جمع آوری شد و با روش یاد شده مورد بررسی قرار گرفت. در تمام موارد مثبت رنگ ارغوانی مشاهده گردید، ضمن اینکه در هیچ کدام از موارد منفی رنگی مشاهده نشد.
نتیجه گیریدر این پژوهش، مشاهده گردید روش طراحی شده، دارای حساسیت و اختصاصیت بالایی برای تشخیص عفونت ویروس HIV-1 می باشد. به نظر می رسد که ژن ویروسی را می توان حتی قبل از تغییرات سرمی و ظهور پادتن تشخیص داد و از این رو می توان دوره پنجره ای عفونت را کوتاه تر کرد. علاوه بر آن در نوزادان متولد شده از مادران آلوده به دلیل انتقال مادری پادتن ها روش های تشخیص پادتن و سرولوژی فاقد ارزش است و بنابراین از این شیوه می توان استفاده نمود. همچنین در این روش به دلیل حساسیت بالا، نمونه های سرمی مثبت با بار ویروسی خیلی پایین هم قابل تشخیص است.
کلیدواژگان: Visual DNA Chip، RT، Nested PCR، HIV -
صفحات 17-28هدفقطعه متصل شونده به آنتی ژن از آنتی بادی های زنجیره سنگین شتری به صورت یک تک دومن(VHH)می باشند. ساختار کریستالی یک VHH خالص نشان داده است که این مولکول در حدود5/2 نانومتر قطر و کمتر از 4 نانومتر طول دارد. به همین علت به این مولکول نانوبادی گفته می شود. شباهت زیاد این مولکولها به VH انسانی موجب می شود که این مولکول کاربرد بالقوه در تشخیصهای ایمنی و نیز ایمنی درمانی داشته باشد. یکی از مواد مورد نیاز کلیدی در تولید و تعیین خصوصیات نانوبادی ونیز کاربرد نانوبادی ها در تشخیص، مولکول آنتی نانوبادی کونژوگه به HRP می باشد.مواد و روش هانانوبادی های ویژه آنتی ژن بخوبی در E coli بیان می شوند. در این تحقیق بیان بالا و تخلیص چند نانوبادی ویژه تومورمارکرها گزارش شده است.به منظور بیان بالا، ژنهای نانوبادی در وکتور pSJF9 ساب کلون شدند، که در نتیجه قطعه نانوبادی به صورت ادغام شده با چند دنباله نشانگر در باکتری E coliنوعTG1 بیان می شود. نانوبادی های بیان شده با استفاده از ستون کروماتوگرافی تمایلی نیکل تخلیص شدند. در اینجا تهیه، تخلیص و تعیین خصوصیات آنتی بادی علیه نانوبادی ها که به صورت متصل به HRPمیباشد، توضیح داده شده است. آنتی بادی کونژوگه تولید شده قابل استفاده در سیستمهای تشخیص نانوبادی است.نتیجهآنالیز با SDS-PAGE و وسترن بلات نشان می دهد که نانوبادی های تخلیص شده خالص و بدون شکستگی می باشد. بعلت استفاده از روش های خاص بیوشیمی آنتی بادی کونژوگه به HRP تولید شده در این تحقیق، حساسیت و ویژگی مناسبی دارد. بحث: با توجه به آزمونهای انجام شده مولکول حاصل قابلیت تشخیص نانوبادی ها را در انواع روش های تشخیصی با دقت و حساسیت بالا دارد.
کلیدواژگان: نانوبادی، VHH، بیش بیان، کونژوگاسیون -
صفحات 29-36هدفامروزه نشانگرهای DNA یکی از مهمترین شاخص ها در زمینه تخمین اندازه مولکولی نمونه های DNA هستند که در تمام آزمایشگاه های پزشکی و تحقیقاتی از آن استفاده می شود. اما متاسفانه در کشور ما، تاکنون این ماده ساخته نشده است و تمام نمونه های نشانگر استفاده شده در کشور، از شرکت های خارجی تهیه می گردد. هدف از انجام این تحقیق، ایجاد فناوری مناسب برای ساخت این ماده ارزشمند در سطح آزمایشگاه بود.مواد و روش هادر این راستا، برای تهیه نشانگرهای DNA لامبدا از دو گونه مختلف لامبدا به نام های EMBL3A و CI857sam7 که هر دو جز فاژهای لیتیک بودند و از پلاسمیدهای pBR332 و pUC18 و پلاسمیدهای نوترکیبVZV، به عنوان منبع DNA استفاده گردید.نتایجدر نهایت هفت نشانگر DNA ساخته شد که چهار عدد از آنها (Sam1، Sam2، /HindIII/BamH1، /HindIII/EcoR1) در نوع خود تازه بودند و به عنوان الگوهای جدید معرفی می شوند، ولی سه تای دیگر (/Hind III، /Pst I، pBR332/MspI) مشابه خارجی هم دارند، و تولید آنها برای اولین بار است که در ایران انجام می شود.نتیجه گیریبعد از طراحی و ساخت این نشانگرها، تلاش برای یافتن بهترین شرایط نگهداری و پایدارسازی نشانگرها به صورت موفقیت آمیزی انجام گرفت.
کلیدواژگان: نشانگر DNA، آنزیم محدودگر، فاژ لامبدا، pBR332، pUC18، پلاسمیدهای نوترکیب VZV -
صفحات 37-41هدفنفروز یا نفروز لیپوئیدیک باعث هشتاد درصد از موارد نشانگان نفروتیک کودکان می باشد که با عوارض کلیوی تشخیص داده می شود. پروتئینوری از عوارض اصلی آسیب به سد گلومرولی کلیه است و نقش IgE در ایجاد آسیب های گلومرولی ممکن به نظر می رسد. در این تحقیق میزان IgE سرمی کودکان مبتلا به نفروز هنگام حمله یا عود بیماری، هنگام درمان استروئیدی و بعد از درمان استروئیدی تعیین شد تا نقش احتمالی IgE در بروز نفروز بررسی گردد.مواد و روش هامطالعه بر روی کودکان حساس به درمان استروئیدی انجام گرفت و برای اندازه گیری میزان IgE، از روش الایزای ساندویچی با دقت 5Iu/ml استفاده گردید.نتایجمیانگین IgE سرم مبتلایان هنگام حمله یا عود بیماری 8/274Iu/ml با انحراف معیار 6/14 می باشد. هنگام درمان استروئیدی میانگین IgE سرم 59/176Iu/ml با انحراف معیار 82/14 می باشد و بعد از قطع درمان استروئیدی میانگین IgE سرم 9/234Iu/ml با انحراف معیار 58/14 در نظر گرفته شد.نتیجه گیریکاهش میزان IgE در هنگام درمان استروئیدی مشاهده شد که معنی دار نمی باشد. با وجود این مواردی از کاهش شدید IgE ازهنگام حمله بیماری تا قطع درمان استروئیدی دیده شد. بنابراین، به نظر می رسد عوامل حساسیت زا در برخی افراد باعث حمله یا عود بیماری می شود؛ در مجموع نقش IgE در ایجاد نفروز، کم اهمیت است.
کلیدواژگان: نفروز، نشانگان نفروتیک با تغیرات جزیی، IgE، پردنیزولون -
صفحات 43-49هدفظهور گونه های هلیکوباکتر پیلوری مقاوم به آنتی بیوتیک یکی از عوامل مهم در کاهش موفقیت رژیم های درمانی می باشد. لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس از باکتری های فلور بی ضرر و مقاوم به اسید معده می باشد که می تواند در مهار گونه های هلیکوباکتر پیلوری در معده نقش مؤثری داشته باشد.مواد و روش هادر این مطالعه 40 گونه هلیکوباکتر پیلوری از 145 نمونه بیوپسی معده بیماران مبتلا به ورم معده، مراجعه کننده به بخش گوارش بیمارستان بقیه الله در سال 1385 جداسازی شد. پس از کشت نمونه های بیوپسی شده در محیط اختصاصی بروسلا بلاد آگار و شناسایی باکتری با آزمایش های تکمیلی (رنگ آمیزی گرم، ریخت شناسی کلونی و بیوشیمیایی) و حساسیت سنجی به دو روش دیسک دیفیوژن اصلاح شده و آزمون E (E.Test) انجام شد. سپس مقاومت گونه های هلیکوباکتر پیلوری به مترونیدازول، کلاریترومایسین، آموکسی سیلین و تتراسیکلین تعیین شد. همچنین اثر مهارکنندگی لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس جدا شده از ماست بر رشد هلیکوباکتر پیلوری با روش کشت هم زمان مورد ارزیابی قرار گرفت.نتایج5/62% از گونه های هلیکوباکتر جدا شده از بیماران به مترونیدازول، 5/22% به کلاریترومایسین، 5/7% به آموکسی سیلین و 5/2% به تتراسیکلین مقاوم بودند. در بررسی اثر مهاری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس بر رشد گونه های هلیکوباکتر پیلوری با روش کشت هم زمان، از رشد 22 (56%) ایزوله هلیکوباکتر پیلوری، به وسیله لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس ممانعت به عمل آمد. 2/68% موارد مربوط به گونه های حساس به آنتی بیوتیک و 8/31% مربوط به گونه های مقاوم به آنتی بیوتیک بودند.نتیجه گیریبا توجه به شیوع گونه های هلیکوباکتر پیلوری مقاوم به آنتی بیوتیک های رایج به خصوص مترونیدازول و کلاریترومایسین، استفاده از درمان های جایگزین مانند استفاده از پروبیوتیک ها ضروری می باشد.
کلیدواژگان: هلیکوباکتر پیلوری، لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس، مقاومت آنتی بیوتیکی، بیوپسی معده، پروبیوتیک -
صفحات 51-62هدف
سالمونلا تیفی موریوم یکی از بیماری زاهای مهم غذایی است که باعث ایجاد گاستروانتریت می شود. در این تحقیق روش PCR-ELISA برای شناسایی سالمونلا تیفی موریوم به کار گرفته شده است.
مواد و روش هاژن rfb، که مسئول بیوسنتز آنتی ژن O از لیپوپلی ساکارید باکتری است، به عنوان توالی هدف انتخاب گردید. آغازگرهای تعیین شده منجر به تکثیر قطعه 882 جفت بازی برای گونه سالمونلا تیفی موریوم شد. نمونه های غذایی آلوده به باکتری سالمونلا تیفی موریوم و همچنین نمونه های بالینی و گونه های استاندارد مورد بررسی و آزمایش قرار گرفت. محصول PCR به طور تصادفی با دیگوکسی ژنین نشان دار و به کف ظرف های دارای استرپتواویدین منتقل و به روش الایزا و با استفاده از آنتی بادی ضد دیگوکسی ژنین مورد بررسی قرار گرفت. از کاوشگر داخلی نشان دار با بیوتین نیز برای تایید محصول PCR استفاده گردید.
نتایجاختصاصی بودن روش با بررسی 20 نمونه سالمونلا و 6 نمونه غیر سالمونلا ارزیابی شد که فقط نتایج گونه تیفی موریوم مثبت و بقیه گونه ها منفی بود. الایزا دقت و حساسیت روش PCR را تا حدود 1000 برابر افزایش داد.
نتیجه گیریروش ارائه شده در این تحقیق با توجه به طولانی بودن روش های مرسوم کشت، برای تایید وجود باکتری در نمونه های بالینی و غذایی می تواند یک شیوه تشخیصی حساس و کارآمدی برای شناسایی و غربالگری سالمونلا تیفی موریوم باشد. روش حاضر در غربالگری های وسیع با توجه به حساسیت بالا می تواند ضمن تشخیص اختصاصی تر، جایگزین خوبی برای PCR باشد.
کلیدواژگان: سالمونلا تیفی موریوم، تشخیص سریع، PCR، ELISA -
صفحات 63-73هدفهومئوستاز بافتی نتیجه سازوکارهای تنظیمی شدیدی است که خود بازسازی، تمایز و پیشگیری از پیری سلولی زود هنگام و مرگ برنامه ریزی شده سلول های بنیادی را کنترل می کند. Bmi-1، یک پروتئین مهارکننده رونویسی از خانواده پروتئین های پلی کمب، مهارکننده ژن هایی است که پیری و مرگ سلولی را القا می کنند و بیان غیرطبیعی آن می تواند در بروز سرطان دخالت داشته باشد.مواد و روش هانمونه های توموری و غیرتوموری مثانه از بیمارستان لبافی نژاد تهیه شد. RNAاستخراج شده از هر نمونه به وسیله روش RT به cDNA تبدیل و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی برای ژن های Bmi-1 و β2m، به عنوان کنترل داخلی، تکثیر گردید؛ همچنین تولید و توزیع درون سلولی پروتئین Bmi-1 به وسیله روش وسترن بلات و ایمونوهیستوشیمی مورد بررسی قرار گرفت.نتایجبرای تعیین نقش Bmi-1 در سرطان مثانه، بیان Bmi-1 در بافت های توموری و غیرتوموری مثانه مورد بررسی قرار گرفت. RT-PCR یک محصول 683 جفت بازی منطبق با اندازه مورد انتظار برای قطعه طراحی شده Bmi-1 را تولید کرد. ماهیت قطعه تکثیر شده به وسیله تعیین توالی تایید گردید. میانگین سطح بیان Bmi-1 در بافت توموری بسیار بالاتر از بافت های غیر توموری است و بین میانگین بیان ژن و مرتبه تومور اختلاف معنی داری وجود دارد (05/0 (p<. همچنین بیان ژن در سطح پروتئین به وسیله روش های وسترن بلات و ایمونوهیستوشیمی تایید شد.نتیجه گیریجایگاه مهارکننده توموری Cdkn2a (جایگاه Ink4a/Arf) دو پروتئین p16ink4a و p14arf را کد می کند. Ink4a و Arf به ترتیب، نقش مهمی در مسیرهای رتینوبلاستوما (pRB)و p53 بازی می کنند. Bmi-1 مهارکننده قوی هر دو مسیر می باشد و بنابراین بررسی نقش این ژن در فرایند سرطانی شدن سلول ها، حائز اهمیت است. در این تحقیق برای اولین بار بیان Bmi-1 و ارتباط آن با بدخیمی های مثانه گزارش می شود.
کلیدواژگان: Bmi، 1، نشانگر تومور، سرطان مثانه، بیان ژن، RT، PCR -
صفحات 75-82هدف
پولیپوز آدنوماتوز خانوادگی (FAP)، نوعی استعداد ارثی به سرطان روده بزرگ با توارث اتوزوم غالب و با نفوذ بالا می باشد. این نشانگان ژنتیکی با حضور بیش از یکصد پولیپ آدنوماتوزی در روده بزرگ و رکتوم شناخته می شود. سایر تظاهرات فنوتیپی شامل تومورهای دسموئیدی، استئوما، تومور در قسمتهای فوقانی دستگاه گوارش و هیپرتروفی مادرزادی پوشش رنگی شبکیه می باشند. ژن APC در اکثر قریب به اتفاق بیماران جهش یافته است. افراد مبتلا به نشانگان FAP در صورت عدم درمان در سن متوسط 40 سالگی دچار سرطان روده بزرگ خواهند شد. ژن APC بر روی بازوی بلند کروموزوم 5 واقع شده و با 15 اگزون و 8538 نوکلئوتید، پروتئینی با 2843 اسید آمینه کد می کند.
مواد و روش ها5 خانواده از میان 150 خانواده مبتلا به سرطان روده بزرگ براساس معیارهای استاندارد تشخیص FAP، انتخاب شدند. در این مطالعه بر پایه روش CSGE و با تغییراتی، غربالگری جهش های مناطق کد دهنده و بعضی از مناطق غیر کد دهنده ژن APC راه اندازی شد.
نتایجهر 5 خانواده دارای تغییر غیر طبیعی الگوی الکتروفورز در طی CSGE در اگزون 15 ژن می باشند. با شناسایی قطعه دارای تغییر الکتروفورز و با استفاده از تعیین توالی مستقیم تغییر کد این مناطق شناسایی شد. جهش های پیدا شده در خانواده های مبتلا به APC، جهش های شناخته شده ای بوده اند. این جهش ها از نوع بی معنی یا تغییر قاب خواندن و حذف می باشند.
نتیجه گیریCSGE برای اولین بار برای تشخیص جهش های ژن APC راه اندازی شد. این روش به علت مزایایی که نسبت به روش های دیگر غربالگری دارد، می تواند در گستره وسیع و در آزمایشگاه های معمولی ژنتیک در کشور راه اندازی شود. به علت اینکه بیماران مبتلا به FAP امروزه در کشور نمی توانند از تشخیص ژنتیکی بیماری خود بهره ببرند، راه اندازی این روش می تواند در حل مشکل تشخیصی این خانواده ها کمک کننده باشد.
کلیدواژگان: ژن APC، پولیپوز آدنوماتوز خانوادگی، CSGE
-
Pages 1-7ObjectivesMalaria is the most important tropical disease in terms of morbidity and mortality. The diagnosis of malaria can be conveniently subdivided into clinical, parasitological, biochemical, serological and molecular biological detection. The objective of the present work was to compare two techniques, blood smear and PCR-RFLP, for detection of Plasmodium species.Materials and MethodsTotally, 46 positive blood samples of malaria were examined by these two methods. In parasitological detection, direct observation of Plasmodium in Geimsa-stained thick and thin blood smears were carried out. In polymerase chain reaction (PCR) method, the target DNA was a segment of 18S rRNAgene. In RFLP technique three enzymes, Hinf I, Hae III and Tsp45 I, were used.ResultsThe results indicated that, by direct observation of thin smear, 35 and 11cases were identified as Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum respectively. But molecular analysis showed that 2 of 11 cases of Plasmodium falciparum were Plasmodium vivax whereas 3 of 35 cases of Plasmodium vivax were Plasmodium falciparum.ConclusionIn diagnosis of human Plasmodium species, the PCR-RFLP technique was found more appropriate and sensitive than blood smear technique.
-
Pages 9-16Objectives
Human Immunodeficiency Virus type 1 is the causative agent of Acquired Immunodeficiency syndrome “AIDS” in human and demonstration of HIV-1 genome in samples is accepted as evidence of infection. Transmission of Infection during window period in blood transfusion settings is a world wide
Material And MethodA rapid Visual DNA Chip based on RT-Nested PCR and Enzyme-Substrate detection system was developed. At first a specific RT-Nested PCR was developed and the products were confirmed in gel electrophoresis and the products were labeled with DIG (Digoxigenin).The labeled products were then hybridized with the pre-prepared chip with an anchored specific probe. After the washing procedure an antibody against DIG conjugated with alkaline phosphates enzyme was used. After the second washing procedure the BCIP/NBT substrate was used and development of color was interpreted as positive while the negative samples developed no color.
Results35 sera samples from different stages of HIV infection (AIDS, Asymptomatic and Symptomatic Infection) as well as 20 confirmed negative sera samples were collected and checked with the developed assay. All the positive samples developed reaction while the negative samples had no reaction.
ConclusionIn the current study the developed assay showed high sensitivity and specificity to detect HIV-1 infection. It seems that the viral genome could be detected prior to antibody appearance and hence the window period could be shortened. Also the assay could be used to detect infection in new borns from infected mothers, because the maternal antibody could pass the placenta and antibody based assay have false positive results. Because of the high sensitivity, the developed assay could also detect infection in very low viral load conditions.
-
Pages 17-28ObjectiveThe antigen binding fragments of camelids heavy chain antibodies are comprised in one single domain (VHH). The crystal structure of an isolated VHH indicated that it is a problate particle of 2.5 nm in diameter and <4 nm high, and has been referred to as a nanobody. The very close similarity of these molecules to human VH3 illustrates the potential application of these novel products as an immunodiagnostic immunotherapeutic reagent. One of the key components in roduction, characterizationand application of nanobodies in detection is the anti-nanobody HRP conjugate.Materials And MethodsIn this study, we reported high expression and purification of some nanobodies against tumor markers. The nanobodies genes were sub-cloned into a pSJF9 vector to over-express the protein coupled with fusion tags in E. coli TG1. The expressed nanobodies were purified by immobilized metal affinity romatography (IMAC). Described here is the preparation, purification and haracterization of anti-nanobody antibody HRP conjugate for use in the various nanobody detection systems.ResultsAnalysis by SDS-PAGE and Western blotting demonstrated the integrity of the purified nanobodies. Because of application of several biochemical modifications, the produced anti-nanobodies HRP conjugate have efficient sensitivity and specificity.
-
Pages 29-36ObjectiveDNA markers are one of the most important indicators for estimating Molecular weight of DNA samples, although it used in widespread medical and research laboratories. These markers are very divers and have been prepared in different manners and from different sources of DNA. But unfortunately, DNA markers havent been made in our country and all of the markers that we use are made in a foreign country.The aim of this research is settings a suitable technology to produce this product in the lab.Material And MethodsWith this aim, we used two different strains of lambda: c1857sam7 and EMBL3A both of which are lytic phages as a DNA source. These were grown in the suitable host, after plaque appearance on the bacterial lawn, suitable titer for phage collecting was determined. We also optimized plasmid purification method for extraction of pBR322, pUC18 and recombinant VZV plasmid DNA and designed fragments in the markers have been constructed by digesting these DNAs with variant enzymes.ResultsIn this study, we made seven DNA markers out of which four of them were made for the first time in the world (λ/Hind III/BamH1, λ/Hind III/EcoR1, Sam2, Sam1) and although foreign models of three of them exist but they were made in our country for the first time (λ/Pst I, λ/Hind III, pBR332/MspI).ConclusionThe other goal of this study was to determining the best conditions for maintaining and preserving these markers in the lab which was successfully performed.
-
Pages 37-41ObjectivesThe idiopathic minimal change nephritic syndrome (nephrosis) is responsible in 80% of nephritic syndromes in children. It is a clinical entity characterized by inter and outer renal parameters. Main factor in glomerolar damages is proteinuria and the role of IgE is possible.AimIn this research, serum IgE concentrations were measured in children with nephrosis in three stages: Relapse, Remission in treatment with steroids, Remissions after treatment with steroids.Materials And MethodsStudy was done on children under 16 years old that suffered from nephrosis. They treated with Prednisolone. Serum IgE concentrations were measured by ELISA technique.ResultsAverage Concentration of serum IgE in the relapse phase was 274.8 Iu/ml (SD=14.6); It was in the remission with steroids treatments 179.59 Iu/ml (SD= 14.82) and it was 234. 9 Iu/ml (SD=14.58) in the remission phase after treatment with steroids.ConclusionIn some cases IgE is significantly reduced after steroid treatment therefore it seems possible that allergic agents can trigger or increase the disease. Serum IgE concentration was not a main factor in nephritic syndrome.
-
Pages 43-49ObjectiveCurrent of antibiotic treatment for H.pylori infection is often associated with frequent adverse effect and resistant to antibiotic. Alternative treatment method to control H.pylori infection is needed. The aim of this study was to test in vitro anti Helicobacter activity of Lactobacilli acidophilus isolated from yogurt.Material And MethodsForty H.pylori strains isolated from 145 human gastric biopsies. After the primary culture of biopsies in the brucella blood agar and identification of H.pylori by biochemical tests, susceptibility tests to antibiotics (metronidazole, clarithromycin, amoxicillin and tetracycline) were performed with MDDM (Modified Disk Diffusion Method) and E test. The isolates were cultured in brucella broth and the effect of Lactobacillus acidophilus isolated from yogurt (cultured in MRS broth) on growth ofH.pylori was tested by a mixed culture technique (co-culture).ResultsTwenty five (62.5%) of the 40 H.pylori isolates were resistant to antibiotics. Resistance rates to metronidazole, clarithromycin, amoxicillin and tetracycline were 62.5%, 22.5%, 2.5% and 0% respectively. Twenty two (56%) of the 40 H.pylori isolates were inhibited by L. acidophilus in mixed culture. This inhibition occurred only when the two organisms were incubated together for more than 24 h. Lactobacillus acidophilus was able to inhibit the growth of both antibiotic sensitive and resistant H.pylori strains. Fifteen (68.2%) of the inhibited isolates were susceptible to antibiotics and seven (31.8%) were resistant to antibiotics.ConclusionWe observed a significant suppression in the growth of H.pylori in the presence of L. acidophilus. This occurred only when the two organisms were incubated together for more than 24h. Based on our findings, L. acidophilus was found to be a potentially effective probiotics against H.pylori and could enhance antibiotic therapy for H.pylori eradication in humans.
-
Pages 51-62Objectives
Salmonella typhimurium is important food-borne pathogen responsible for gastroenteritis. In this work a polymerase chain reaction based enzyme linked immunosorbent assay (PCR-ELISA) was developed to identify Salmonella typhimurium.
Materials And MethodsThe rfb gene which is responsible for biosynthesis of the Salmonella O-antigenic lipopolysaccharide was selected as the target sequence. The selected primers amplified fragment size of 882bp of S. typhimurium. Food samples contaminated with Salmonella typhimurium as well as clinical and standard samples were used in this investigation. The PCR products randomly labeled with Dig-11-dUTPwere transformed to a plate coated with streptoavidin and tested with anti digoxigenin. An internal biotinlabeled probe was used to confirm the amplified PCR product.
ResultsThe specificity of the assay toward S.typhimurium samples was confirmed by testing 20 Salmonella and 6 non Salmonella strains. ELISA increased the sensitivity of the conventional PCR method by approximately 1000 fold.
ConclusionThe method presented here is a rapid and specific alternative for the traditional time consuming culture methods for the detection of S. typhimurium in food and clinical samples. Due to its high specificity and sensitivity, our method finds its place as an alternative to PCR in large scale screenings, for detection of S. typhimurium.
-
Pages 63-73ObjectivesTissue homeostasis is the result of strict regulatory mechanisms, which control self-renewal, differentiation, prevention of premature senescence and apoptosis of stem cells. Bmi-1, a Polycomb group repressor protein, represses genes that induce cellular senescence and cell death, and can contribute to cancer when improperly expressed.Material And MethodsBladder tumoral and nontumoral samples were collected from Labbafi-Nejad hospital. RNA was extracted from each sample, reverse transcribed and amplified by RT-PCR technique, using specific primers for Bmi-1 and β2-microglobolin, as an internal control. The production and distribution of Bmi-1 protein was also examined by western blotting and immunohistochemistry technique.ResultsTo clarify the role of Bmi-1 in bladder tumors, we examined the expression of Bmi-1 in tumoral and nontumoral samples. RT-PCR generated a 683 bp product, corresponding to the expected size of the Bmi-1 amplified region. The identity of the amplified fragment was then confirmed by direct DNA sequencing. Themean of expression of the Bmi-1 detected in tumoral tissues was significantly higher than the non-tumoral tissues and there is also a significant correlation between the mean of gene expression with stage of malignancy (p < 0.05). The expression of Bmi-1 at protein level was further confirmed by western blotting and immunohistochemistry.ConclusionThe tumor suppressor locus Cdkn2a (Ink4a/Arf locus) codes for two proteins, p16ink4a and p14arf. Ink4a and Arf are playing important roles in the retinoblastoma (pRB) and p53 pathways, respectively. Bmi-1 is a potent repressor of both pathways and hence elucidating its role in tumorigenisis is very important. Here, for the first time we are reporting the expression of Bmi-1 and its correlation with malignancy in bladder tumors.
-
Pages 75-82Objectives
Familial Adenomatous Polyposis (FAP) is an autosomal dominant predisposition to colon cancer. This hereditary genetic disease is characterized by more than 100 adenomatous polyps in colon and rectum. Additional features may include desmoids tumors, polyps in the upper gastrointestinal tract, osteomas and Congenital Hypertrophy of the Retinal Pigment Epithelium (CHRPE). A mutation in APC (AdenomatousPolyposis Coli) is found in the majority of cases. Mutation detection and genetic analysis of APC in this syndrome is highly recommended as the penetrance is almost 100% by 40 years of age. The APC gene expanding on 5q21- q22 has 15 exons and has an ORF with 8538 nucleotides which codes a protein with 2843 amino acids.
Materials And Methods5 families among 150 families were selected according to accepted diagnosis criteria of FAP. CSGE (Conformation Sensitive Gel Electrophoresis) technique for the first time was set up to screen mutations in all 15 exons of APC gene by this technique. Direct sequencing was used as gold standard to confirm CSGE results.
ResultsCSGE analysis showed electrophoresis migration anomalies and heteroduplex formation in exon 15 of APC in all patients. Further analysis by direct sequencing characterized these heteroduplexes as deleterious mutations. These mutations can be classified as non sense, frame shift and deletion.
ConclusionFor the first time, CSGE technique was set up for mutation screening of coding and some parts of non coding regions of APC. In comparison with other screening methods, this technique has many advantages so it can be used in routine clinical laboratories. As mutation detection in APC is laborious, needs high techtechnology and is expensive, finding sensitive and cost effective mutation screening technique would have direct positive effect on clinical management of families with familial susceptibility to colon cancer.