ایران بعد از اسلام دانشگاه خوارزمی دانش پزشکی در اروپا از گفتمان مبتنی بر طب جالینوسی به پزشکی نوین از قرن شانزدهم میلادی آغاز و در سده نوزدهم نمایان شد. سده نوزدهم میلادی، دورانی سرنوشت ساز در تاریخ پزشکی جهان بود. در این زمان طب مدرن غربی برپایه میکروبیولوژی بر سیطره طب جالینوسی پایان داد. ایران نیز با نیرومند شدن قدرت سیاسی خود وگسترش دیپلماسی با اروپا و حضور پزشکان غربی سفارتخانه ها و میسیونرهای مذهبی، تاسیس بیمارستان های شهری، گشایش کالج پلی تکنیک دارالفنون ووضع مجموعه قوانین بهداشتی براساس کنوانسیون های بین المللی که تجلی آن در احداث قرنطینه ها وتشکیل مجلس حفظ الصحه بود توانست با مبانی بالنده طب غربی آشنا شود.

در ایران تجربه گذار از طب سنتی و مواجهه با مفهوم متجدد پزشکی و بهداشت در دوره قاجار رقم خورد. تجدد همزاد انقلاب علمی بود که در سایه آن خرد ناسوتی، فردی و نسبی انسان جای خرد مطلق و بی کران ملکوتی را می گرفت. (میلانی، 1387:10) آموزش علوم جدید، از جمله پزشکی مدرن، در صدر برنامه های نوسازی دولت قاجار قرارگرفت و در دوره صدارت امیرکبیر تلاش هایی همچون تاسیس مریضخانه دولتی، تصدیق اطبا و قانون آبله برای بهبود بهداشت عمومی و فردی صورت گرفت، تا گسست ازجهان طب سنتی وجوه عینی داشته باشد. (آدمیت، 1378: 332-334) طب سنتی این سرزمین که از بسیاری از مبانی طب آکادمیک و علمی مکتب بوعلی سینایی جدا افتاده بود در هاله ای از دوگانه گرمی و سردی جالینوسی، متوقف شده بود. سیستم طب ایران به جای طب تجربی و بالینی مبتنی بر مکتب شیخ الرییس، گرفتار طب مبتنی بر تحلیل عامه و غیرعلمی بود. این سیستم پزشکی، از دانش علوم پایه، تشریح، فیزیولوژی و پاتوفیزیولوژی مبتنی برپایه تجربه، معاینه فیزیکی و اصول مدرن جراحی تمدن اسلامی، بی بهره بود و فاقد سازمان و زیرساخت های بهداشتی، بیمارستانی و آموزشی بود. 

از آنجا که نفوذ طب مدرن اروپایی در ایران برخلاف هندوستان و شمال آفریقا، زیر چتر قدرتمند استعمار نبود. بنابراین تمام اصول و مبانی آن از سوی توده مردم وطبقه ممتاز جامعه پذیرفته شد و با مقاومت ضد استعمارگرایانه روبه رو نشد. همچنین همگام با حذف آموزش طب سینایی در دارالفنون و وضع قانون 1911مجلس ملی درخصوص صدور گواهینامه اجازه طبابت تنها به پزشکان تحصیلکرده به شیوه غربی، طب افول یافته مکتب سینایی ایران قاجار، در این پارادایم، جای خود را به طب مدرن غربی داد.  با تاسیس دارالفنون فصل تازه ای از فراگیری طب و داروسازی نوین غربی آغاز شد و با همت دکتر پولاک، معلم طب دارالفنون و دکتر فوکتی، معلم داروسازی برای نخستین بار دروسی مانند علم تشریح و استفاده از داروهای خارجی تدریس شد که سابقه آموزشی نداشت (فلور، 1386:228). حتی در جامعه نیز با آن ضدیتی به وجود آمده بود. (شهری، 1383: 268).  تا قبل از سال 1305ه. ش امور بهداشتی و درمانی کشور زیر نظر مجلس حفظ الصحه دولتی قرار داشت. اما از آبان 1305 تمام واحدهای وابسته به امر بهداشت، درمان و دارویی کشور در وزارت داخله تحت عنوان اداره کل صحیه متمرکز شد. در سال 1314 ه. ش با تصویب فرهنگستان، نام این اداره به «اداره کل بهداری ایران» تغییر یافت. در شهریور 1320، محمدعلی فروغی، نخست وزیر وقت، لایحه تشکیل وزارت بهداری را به مجلس تقدیم کرد و سرانجام 8 آبان با تصویب «قانون اصلاح بودجه کل کشور»  این اداره به وزارت بهداری تبدیل شد.