فرآیند بازنگری قانون اساسی تا دو ماه پس از رحلت حضرت امام(قدس سره) ادامه یافت و آخرین جلسه شورای بازنگری در تاریخ بیستم تیرماه 1368 برگزار شد. در این شورا مجموعا 46 اصل از قانون اساسی اصلاح و تغییر یافت و اصول 176 و 177 نیز به قانون اساسی اضافه شدند. به طورکلی در جریان بازنگری پست نخست وزیری حذف شد و اختیارات رئیس جمهور افزایش یافت، مدیریت متمرکز در قوه قضائیه جایگزین مدیریت شورایی شد و جایگاه مجمع تشخیص مصلحت نظام در ساختار سیاسی کشور به عنوان حل و فصل کننده اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان تثبیت شد. در اصول مربوط به شرایط و صفات رهبری و چگونگی تعیین رهبر، قید مرجعیت از شرایط رهبری برداشته شد، ویژگی های تدبیر و عدالت به شرایط و صفات رهبر اضافه گردید، و رهبری شورایی حذف شد.1

عبارت «ولایت فقیه» نیز با توجه به نظر حضرت امام، به «ولایت مطلقه فقیه» تغییر یافت. شورای بازنگری، «حق انحلال مجلس شورای اسلامی» را نیز به عنوان یکی از اختیارات رهبری در دستور کار قرار داده بود اما آیت الله خامنه ای طی نامه ای به آیت الله مشکینی خواستار حذف این اختیار از دستور کار شورا شدند تا «موجبی برای اختلاف نظر میان برادران در این جو صفا و صمیمیت به وجود نیاید.»2.

اول مردادماه تعدادی از اعضای هیئت رئیسه شورای بازنگری قانون اساسی طی یک مصاحبه مطبوعاتی، اصلاحات انجام شده را تشریح کردند و رسانه های جمعی به تبیین و توضیح این اصلاحات برای مردم پرداختند. روز ششم مردادماه 1368 نیز به عنوان روز برگزاری همه پرسی قانون اساسی و پنجمین دوره انتخابات ریاست جمهوری تعیین شد.

دشمنان انقلاب اسلامی اولین انتخابات پس از رحلت امام را برهه ای حساس و حیاتی می دانستند و امید داشتند این همه پرسی به نقطه ی ضعف و آسیب نظام تبدیل شود. اما همه پرسی در یک فضای آرام و پرشور برگزار شد و قانون اساسی جدید با رای آری 97.5 درصد شرکت کنندگان به تصویب رسید.

آیت الله خامنه ای در پیامی خطاب به مردم، ضمن تشکر و قدردانی از حضور چشمگیر و گسترده آحاد ملت در پای صندوق های رای، برگزاری انتخابات ششم مردادماه را میثاق مجدد با آرمان های والای انقلاب اسلامی و ادای وظیفه حق شناسی ملت نسبت به امام راحل دانسته و نوشتند: «خناسان و بدخواهان که با انواع وسوسه های شیطانی و با بهره گیری از کاستی ها و فشارهای ناشی از توطئه های دشمنان و جنگ تحمیلی تلاش مذبوحانه ای را به همراه همه بوق های تبلیغاتی دشمنان برای ناامید کردن مردم و خالی کردن صحنه با تمام توان آغاز کرده بودند، امروز ناکام و مایوس گردیدند... جای آن است که همه کسانی که دانسته و ندانسته در سراسر جهان اسیر تحلیل های غلط و غیر واقعی خود و دیگران درباره ایرانند، اکنون به خود آیند و حقایق کشور عزیز ما را در رفتار و موضع گیری های ملت بزرگمان صحیح و واقع بینانه درک کنند.».3

به دنبال تغییر شرایط و صفات رهبری در قانون اساسی جدید، شورای نگهبان از هیئت رئیسه مجلس خبرگان درخواست کرد که برای بررسی انطباق شرایط و صفات رهبری در قانون اساسی جدید تشکیل جلسه دهد. دبیرخانه خبرگان اعضا را برای این جلسه فراخواند و روز یکشنبه پانزده مرداد روزنامه ها از تشکیل جلسه مهم مجلس خبرگان رهبری در این باره خبر دادند.4

جلسه خبرگان صبح پانزده مرداد 68 با قرائت آیاتی از قرآن حکیم آغاز شد. آقای مشکینی رئیس مجلس در سخنرانی آغازین اجلاس، رحلت حضرت امام(قدس سره) و نیز ایام شهادت حضرت اباعبدالله الحسین(علیه السلام) را تسلیت گفته و درباره انتخاب چهارده خرداد خبرگان یادآور شد: «این یکی از معاجز بود. برای اینکه مسئله ای نبود که پیش بینی شده باشد. ما تا حدی وارد کار بودیم، اما من می دانم [که] راجع به این موضوع صحبتی نشده بود. اگر یک تصوراتی بود به مرحله تصدیق جدی نیامده بود. در همان جا خلق الساعه پروردگار این را الهام کرد برای ما و این مسئله الهامی است. خداوند در سوره والشمس یازده قسم می خورد و بعد می فرماید که «فالهمها فجورها و تقواها»5.

مثل اینکه قضیه این جوری است که «الهم الخبراء، الهم خداوند نفوس الخبراء تقواها» خداوند تقوای اینها را بر نفوس فقها - خبراء - این جا الهام کرد و این یک مسئله الهامی بود [که] خداوند یک چنین فردی را توفیق داد انتخاب کردیم و امیدواریم ان شاءالله همان راه اصیل و خط اصیل امام ما... به وسیله این فرد ادامه پیدا [خواهد] کرد تا ظهور حضرت بقیهالله... که مراد از خط امام بی تردید یعنی خط الله، حزب الله، انبیاءالله، رسل الله، اولیاءالله والا امام ما خطی ندارد. اصلا عظمت امام این بود که خطش خط الله بود، هدفش هدف پروردگار بود، ایده اش، ایده کتاب الله بود و خداوند این خط را ان شاءالله توفیق خواهد داد.».6