دفتر پژوهش های موسسه کیهان : آنان راه نفوذ را در تطمیع ناپسری آیت الله آقازاده یافتند. آقابکف ادامه داده است: «... تا آن که بالاخره توانستیم با رشوه دادن و فریفتن یکی از تجار به داخل این مرکز قدرت راه پیدا کنیم. این تاجر ناپسری آقازاده رئیس روحانیون مشهد بود...»

روس ها با گسترش حضور خود در خراسان به دنبال بهانه ای می گشتند تا بتوانند این بخش از خاک وطن اسلامی را تصرف کنند و این بهانه را در دادن التیماتوم برای عزل مورگان شوستر آمریکایی یافتند که ریاست کل خزانه داری را به تصویب مجلس شورای ملی به عهده داشت.

علمای نجف تصمیم گرفتند همراه هزاران مردم داوطلب برای در اختیار گرفتن زمام امور ایران و بیرون راندن اجانب، از عتبات حرکت کنند. آخوند خراسانی توصیه های لازم را از طریق فرزند خویش، میرزا محمد آقازاده به مردم خراسان و شهرها و استان های دیگر کرده بود. هیجان عمومی همه را فراگرفته بود و در همین بین، آخوند خراسانی در میان راه بازگشت به وطن به طرز مشکوکی رحلت نمود.

در جریان شورش طالب الحق در مشهد (که توسط روس ها برای ورود به شهر طراحی شده بود)، آیت الله آقازاده، مشهد را ترک کرد و به تهران رفت و پس از فاجعه به توپ بسته شدن حرم مطهر توسط ارتش روسیه در روز 12 ربیع الثانی 1330 هجری قمری و شهادت تعدادی از مردم در صحن مطهر و تضعیف موقعیت مستبدین در شهر، مجددا به مشهد بازگشت تا اوضاع را بسامان کرده و مردم را در مقابل توطئه روس ها متحد گرداند.

وقتی آیت الله نورالله اصفهانی، از روحانیون طراز اول ایران، در اعتراض به سیاست های دولت دست به مهاجرت زد، بسیاری از علما از این اقدام حمایت کردند و درصدد پیوستن به او بودند. علمای خراسان به خصوص آیت الله آقازاده هم از اقدام علمای اصفهان حمایت کردند.

در گزارش نصرت الدوله به تیمورتاش آمده است:«از مشهد تلگرافاتی رسیده که آقازاده و آشتیانی از آنجا خیلی اقدام می کنند. تلگرافی هم در جواب متحدالمآل به رئیس الوزاء داده اند که گویا بد و سخت است ولی هنوز ندیده ام. در هر حال قسمت مشهد محتاج به دستور اکید شماست که باید از آن غفلت نفرمایید.»1

آیت الله آقازاده خراسانی، از ابتدا با سلطنت رضا میرپنج به شدت مخالف بود، تلاش های ایشان و دیگر روحانیون طراز اول مشهد، پیش از سلطنت رضاخان برای ممانعت از روی کار آمدن خاندان پهلوی، در سندی به تاریخ 8/11/1303ش (سه ماه قبل از به سلطنت رسیدن رضاخان) کاملا مشخص و معلوم است. این سند که گزارش کنسولگری ایران در بصره محسوب می گردد، به دلیل آمدن حاج آقا حسین قمی به عتبات عالیات تحریر شده بود: «مشارالیه از طرف آقا حاجی میرزا محمد آیت الله زاده خراسانی آمده و مشغول تهییج و تسمیم افکار علما است... و از جمله انتقاداتی که بر دولت حاضره می نماید، راجع به فوج پهلوی است و به طبقات اهل علم گفته است دولت می خواهد آیین زردتشتی را در مملکت رواج و مذهب اسلام را ضعیف نماید.»2

آیت الله آقازاده پس از روی کار آمدن رضاخان نیز همچنان به مخالفت با وی ادامه داد. رضا خان قبل از به قدرت رسیدن با شرکت در مراسمهای مذهبی و دیدار با علما و مراجع بزرگ شیعه، با ظاهرسازی ، خود را اهل دین و وفادار به مذهب نشان می داد، لذا رابطه بیشتر عالمان دینی با رضا خان، قبل از روی کار آمدن وی، تیره و تار نبود.

آیت الله آقازاده نیز همچون برخی از علمای دیگر در جشن تاجگذاری رضا شاه در تاریخ 4/2/1305 هجری شمسی شرکت داشت. در این جشن، نمایندگان روحانیون از ایالات و ولایات گوناگون حضور داشتند. از ایالت خراسان هم آیت الله میرزا محمدآقازاده به این جشن دعوت شده بود.3

گفته شده در مراسم تاجگذاری، رضا خان از آیت الله آقازاده خواست تاج سلطنت را بر سر رضا خان بگذارد، و چون ایشان این کار را انجام نداد، رضا خان خود تاج را بر سر گذارد.4

اما عملکرد رضاخان پس از به قدرت رسیدن و مخالفت صریح با احکام اسلامی و محدود کردن عالمان و مراجع بزرگوار شیعه و اجرای طرح ننگین و استعماری کشف حجاب، باعث رویارویی روحانیون و علما با او گردید.

آقازاده نیز از سال 1310 هجری شمسی به بعد، از مخالفان سرسخت رضا خان به شمار می رفت.5