طراحی و بهینه سازی اینترنال کنترل تست PCR ویروس هرپس سیمپلکس

ویروس هرپس سیمپلکس که در انسان ایجاد عفونت می کند، عضوی از خانواده ی هرپس ویریده می باشد. روش های متنوعی برای تشخیص این ویروس وجود دارد اما برای ویروس ها روش هایی مثل کشت بسیار زمان بر است، در نتیجه روش های مولکولی از جمله PCR، تکنیک های مناسب تری هستند، اما بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاه ها بدلیل استاندارد نبودن روش از معایب این تکنیک مولکولی قوی است. برای رفع این خطا در این تحقیق اقدام به طراحی اینترنال کنترل رقابتی IC به طریق PCR-Cloning گردید.
در این مطالعه برای ساخت کنترل داخلی ویژه HSV ابتدا پرایمرهای ویژه PCR جهت تشخیص مولکولی بهینه شد. پرایمرهای مرکب (Composite Primer) برایIC-HSV نیز طراحی و سپس روش PCR برای IC-HSV بهینه گردید. IC-HSV تکثیر شده در پلاسمید pTZ57R الحاق شد و سپس درباکتری اشریشیا کلی JM107 ترانسفورم و کلون گردید. حساسیت و اختصاصیت تست مورد بررسی قرار گرفت.
اندازه محصول PCR HSV با پرایمرهای اختصاصی آن برابر با 454 جفت باز و محصول IC-HSV برابر با 662 جفت باز بود، که از نظر اندازه، اختلاف مطلوب را با هم دارند. تعداد حداقل IC در هر واکنش 1000 عدد تعیین شد. حساسیت تست PCR همراه با IC برای DNA ویروس هرپس سیمپلکس بین یک میلیون تا 100 پارتیکل ویروس مشخص گردید.
در کنار سرعت و دقت بالای تکنیکPCR، نتایج منفی کاذب که به دلیل وجود مهارکنندگان واکنش PCR، رخ می دهند از مشکلات مهم این تکنیک هستند که می توانند کارایی این روش ها را کاهش دهند. استفاده از یک DNA دیگر به عنوان کنترل داخلی می تواند این خطاها را شناسایی کند. در واقع تکثیر این DNA حاکی از صحیح طی شدن تمامی مراحل تکثیر و شناسایی است.