نخستین بررسی ویروئید پوست پینه ای سیب در میزبان های سیب و گلابی در ایران و تعیین میزان تنوع ژنتیکی جدایه های ایرانی

ویروئید پوست پینه ای سیب، ASSVd(Apple scar skin viroid)، یکی از مخرب ترین بیماری های ویروئیدی در میان درختان میوه دانه دار بوده و میتواند خسارات اقتصادی چشم گیری ایجاد نماید. علایم این بیماری شامل شکاف خوردگی، بدشکلی و خال دار شدن میوه در باغات سیب و گلابی در استان خراسان رضوی مشاهده گردید. نمونه برداری از باغات سیب و گلابی صورت گرفته و RNA از برگ های درختان با استفاده از روش به دام اندازی سلیکا (Silica capture method) استخراج گردید. ASSVd پس از انجام آزمون RT-PCR در نمونه های حاصل از این باغات شناسایی شد. محصول PCR خالص گردیده و با استفاده از ناقلpGEM®-T Easy همسانه سازی شده و پلاسمید نوترکیب حاصل توالی یابی شد. پس از انجام آنالیزهای لازم، 12 جدایه جدید این ویروئید از میزبان های سیب و گلابی در بانک ژن (NCBI) ثبت گردید. این جدایه ها طولی بین 334 -329 نوکلئوتید داشتند. آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از روش neighbor joining نشان داد که جدایه های ایرانی از سایر جدایه های این ویروئید مشخص بوده و در گروه جداگانه ای قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی از طریق نشان دادن جایگاه های جهش جدایه های ایرانی بر روی ساختار ثانویه مولکول مرجع ASSVd مورد بررسی قرار گرفت. این مطالعه اولین گزارش از شناسایی و بررسی صفات ویروئید پوست پینه ای سیب در ایران میباشد.