بررسی ژنوم بیان شده در سلول های غدد برگی گیاه دارویی Fruticosa Salvia برای تعیین عناصر مهم ژنومی

روش های ژنومیکس نظیر تجزیه و تحلیل توالی های EST، امکان شناسایی مارکرهای مرتبط با ژن های بیان شده و miRNA های شبکه های تنظیمی و متابولیکی را فراهم می آورند. در این مقاله شناسایی عناصر مرتبط با ژنوم بیان شده در غدد برگی Salvia fruticosaمورد بررسی قرار گرفت.
1465 توالی EST مربوط به کتابخانه ژنوم بیان شده در سلول غدد برگی گیاهان جنس Salvia از خانواده نعناعیان از پایگاه داده NCBI دریافت شد. پس از جمع آوری و حذف توالی های مربوط به وکتور، کلروپلاست، توالی های تکراری، سر هم بندی آن ها، توالی های کانتیگ و سینگلتون ایجاد شد. با استفاده از جستجوی BlastX، hit های موجود و هم چنین فراوانی و توزیع نشانگرهای EST-SSR با استفاده از SSRTools مشخص شد. miRNA های مرتبط با توالی های مورد نظر با استفاده از مدل سازی و جستجو در گیاه آرابیدوپسیس مشخص شدند.
تعداد 153 کانتیگ و 777 سینگلتون مشخص شد. BLASTX، 477unigene دارای hit را مشخص نمود. Gene enrichment analysis توالی ها را در گروه های کارکردی مختلف قرار داد. در بین نشانگرهای مولکولی EST-SSRs مشخص شده دی- نوکلئوتیدهای AT/GA ، تری- نوکلئوتیدهای GCC ، تترانوکلئوتیدهای TAAT دارای حداقل چهار تکرار بیش ترین فراوانی را دارد، برای تکرار های پنتا و هگزا نوکلئوتیدی AAGAG و AGTATT ، CGTGGT به صورت سه تکرار پشت سر هم یک بار گزارش شد. برای ژنوم بیان شده تعداد 40 عددmiRNA مرتبط با ژن های مختلف مشخص شد.
EST-SSRs مشخص شده در این گیاه می تواند برای تعیین تنوع بین گونه های مختلف این جنس در خانواده گیاهان lamiaceae استفاده شود. دو miRNA مهم مرتبط برای تنظیم بیان ژن آنزیم مونوترپن سنتاز در مسیر تولید ترپنوئیدهای مهم موجود در این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.