طراحی بیوانفورماتیکی دئوکسی ریبوزایم 23-10 علیه ناحیه غیر ترجمه شونده قبل از کدون آغاز ژن بتاگالاکتوزیداز (lacZ) در ناقل pGEM-T

پیام:
چکیده:
زمینه و هدف
دئوکسی ریبوزایم ها الیگودئوکسی ریبونوکلئوتیدهایی هستند که کاتالیز واکنش هایی مثل برش RNA را انجام می دهند و کاربردهای تشخیصی و درمانی دارند. دئوکسی ریبوزایم 23-10 شامل یک دومین کاتالیتیک وابسته به کاتیون 15 نوکلئوتیدی ثابت و دو بازوی متصل شونده متغیر است که باعث اختصاصیت آنزیم می شوند. اپران لاکتوز در فرایند غربالگری سفید- آبی کاربرد دارد، این اپران شامل 3 ژن به صورت پلی سیسترونیک است. در این تحقیق بیوانفورماتیکی دئوکسی ریبوزایمی علیه ژن آلفا پپتید بتاگالاکتوزیداز در اپران لاکتوز طراحی شد.
روش بررسی
نقشه ژنی پلاسمید pGEM-T از سرور addgene گرفته و توالی ژن آلفا پپتید مشخص شد. سپس با مقایسه توالی پروتئینی با قالب های خوانشی مختلف منتج از سایت expasy، قالب خوانشی صحیح انتخاب گردید. در این مرحله، کل توالی مکمل معکوس شد تا توالی mRNA به دست آید. ساختار ثانویه با کمترین انرژی آزاد از سرور mfold گرفته شد و یک ناحیه فاقد ممانعت فضایی در آن پیدا شد. با توجه به اینکه دئوکسی ریبوزایم 23-10 قابلیت برش بین یک پورین جفت نشده و یک پیریمیدین جفت شده را دارد؛ یک AC در جایگاه اتصال ریبوزوم در ناحیه غیر ترجمه شونده انتخاب شد و 9 باز در طرفین آن، به عنوان بازوهای متصل شونده در نظر گرفته شد. بررسی عدم وجود توالی مشابه در باکتری میزبان توسط سرور NCBI انجام شد. درنهایت فعالیت و اتصال دئوکسی ریبوزایم توسط سرور mfold پیش بینی شد.
یافته ها
نتایج این تحقیق نشان داد که دئوکسی ریبوزایم طراحی شده دارای Tm نسبتا بالا با دو بازوی هم اندازه 9 نوکلئوتیدی است که کارایی آن را افزایش می دهد.
نتیجه گیری
نتایج حاصل از این پژوهش می تواند برای کنترل بیان ژن lacZ به عنوان یک نشانگر زیستی مورد استفاده قرار گیرد.
نوع مقاله:
بررسی کوتاه
زبان:
فارسی
صفحات:
1 -12
لینک کوتاه:
magiran.com/p1791149 
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.