تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی

با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP) ، پیش بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ) های متراکم برای ارزیابی همه افراد جمعیت مقرون به صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی های ژنگانی می توان گروهی از حیوان ها را با تراشه های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه های کم تراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشه کم تراکم (1k، 2k و 4k) ، اسناد شده به تراکم بالای 10k و رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت های تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش های اصلاحی برآورد شده در تراشه های مختلف با استفاده از داده همانند سازی شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه های کم تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم افزار FImpute صورت گرفت. به طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش های اصلاحی برآورد شده به دست آمده از تراشه های مختلف افزایش پیدا کرد. به گونه ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشه کم تراکم 4k و تراشه متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان های تراشه 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصله جمعیت مرجع و جمعیت های تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.