آنالیز و طراحی پیشرفته واکسن کبرا (آنتی ژن وسیع الطیف بهینه شده با روش های محاسباتی) برای پروتئین Bm86 معدی کنه های آنولاتوس و میکروپولوس جنس ریپی سفالوس

گونه های کنه ریپی سفالوس سبب ضررهای اقتصادی قابل ملاحظه ای در ایجاد بیماری در حیوانات و همچنین انسان می شوند. Bm86 که یک پروتئین معدی کاندید واکسن می باشد توالی آن در بین جدایه های گونه های ریپی سفالوس از نظر جغرافیائی جدا از هم، متغیر و دلیل اصلی کاهش اثربخشی و شکست واکسن های نوترکیب است.

در این مطالعه بیوانفورماتیکی توالی های انگل های ریپی سفالوس میکروپولوس و آنولاتوس استخراج، هم ردیف و اصلاح گردیدند. سپس نمودار تغییر پذیری و درخت فیلوژنتیک برای آن ها ترسیم شد. سپس گروه بندی و علامت گذاری تاکسون ها جهت طراحی واکسن تکاملی، آنتی ژن کبرا ، مرکز درخت و اجدادی صورت گرفت. همچنین بر روی توالی های واکسنی کبرا آنالیزهای مدل سازی و آزمون بر هم نهی انجام گرفت.

در دو گونه میکروپولوس و آنولاتوس، بیشترین تغییری پذیری به ترتیب در حدود آمینواسید های 177 تا 181، 270 تا 276 و 351 تا 352 مشاهده گردید. 6 توالی به عنوان توالی مناسب جهت طراحی واکسن تکاملی و 12 توالی نیز جهت هم ردیفی مجدد و بدست آوردن توالی مورد توافق جهت طراحی آنتی ژن کبرا استفاده گردید. از سوی دیگر توالی مربوط به ریپی سفالوس آنولاتوس در شاخه های خواهری بوده و بیشتر به یکدیگر شبیه بودند تا به توالی های BM86 ریپی سفالوس میکروپولوس، به جزء توالی ADQ19687. توالی های انتخابی جهت طراحی واکسن بر مبنای مرکز درخت و اجدادی نیز به ترتیب از توالی های AJE29931، AJE29932 و ATW75472 و توالی های ATW5476، ADM86722، ACZ55133 معرفی شدند.

 واکسن ضد کنه ای مبتنی بر روش کبرا برای Bm86 می توانند وسیع الطیف تر، مقرون به صرفه تر و جایگزین بهتری در مقایسه با واکسن های نوترکیب فعلی باشند.