روش های محاسباتی برای پیش بینی ساختار دوم RNA

عملکرد مولکول های RNA اغلب به ساختار فضایی آنها بستگی دارد. ساختار فضایی یک مولکول RNA را می توان با روش های آزمایشگاهی مانند NMR و یا کریستالوگرافی اشعه ی ایکس به طور دقیق مشخص کرد، ولی این کار مستلزم صرف زمان و هزینه ی بالایی می باشد. به همین دلیل، استفاده از روش های محاسباتی برای پیش بینی ساختار فضایی یک مولکول RNA بسیار مورد توجه قرار گرفته است. به دلیل این که مسئله پیش بینی ساختارهای فضایی RNA بسیار پیچیده بوده و از نظر محاسباتی پرهزینه است، لذا اکثر تحقیقات انجام شده در این زمینه بر روی مسایلی تمرکز دارند که به ساختار دوم RNA مرتبط می باشند. این نوع ساختار را می توان به صورت مجموعه ای از موقعیتهای جفت شده در یک دنباله ی RNA توصیف کرد. مسئله پیش بینی ساختار دوم RNA در حدود 30 سال پیش ارایه شده و تا کنون تحقیقات زیادی بر روی آن انجام شده است. کمینه سازی سطح انرژی به عنوان یکی از رویکردهای مهم برای حل این مسئله پیشنهاد شده و بر اساس آن الگوریتم های نوسینف  و زوکر  ارایه شده اند. در این مقاله، پس از ارایه تعاریف اولیه مربوط به ساختارهای RNA، این دو الگوریتم با جزییات کامل ارایه و تحلیل می شوند.