بررسی شاخص های تنوع ژنتیکی در یک جمعیت از گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ

کاهش میزان تنوع ژنتیکی و به تبع آن افزایش تجمعی میزان هم خونی از جمله عوامل تهدید کننده صنعت پرورش گاو شیری محسوب می شوند. هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی شاخص های تنوع ژنتیکی (توزیع عدم تعادل لینکاژی، آماره هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار، آماره Fis، توزیع فراوانی آلل های نادر، میزان اتوزیگوتی و تجزیه به مولفه های اصلی) در گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ بود. داده های ژنوتیپی متعلق به 25 گاو ماده هلشتاین حاصل از تراشه اسنیپ گاوی 50 هزارتایی، اهدایی از شرکت تجاری آلتادلتا ژنتیک تجزیه و تحلیل شد. محاسبات آماری شاخص های مولکولی مذکور از طریق نرم افزار معروف پلینک، نسخه 1/9تحت محیط R صورت گرفت. میانگین فراوانی آلل نادر (0/28)، میانگین فراوانی هتروزیگوتی مشاهده شده و هتروزیگوتی مورد انتظار به ترتیب (0/38، 0/37)، آماره شاخص تثبیت (Fis) (منفی0/032)، آماره Fhom (0/0328-) اندازه گیری شد. همچنین، نتایج تجزیه به مولفه های اصلی، تنوع و پراکنش معنی دار بالایی را نشان داد که تاییدی بر مطابقت و هم خوانی همه آماره های مولکولی اندازه گیری شده و بالا بودن میزان تنوع ژنتیکی اندازه گیری شده بود. از آنجایی که، شاخص ROH، از اطلاعات توالی نوکلیوتیدی یکسان انتقال یافته به دو فرد حاصل می شود لذا، در مقایسه با شاخص Fis، معیار آماری مناسب تری برای مطالعه میزان هم خونی، می باشد. نتیجه گیری نهایی این که، بکارگیری نشانگرهای متراکم اسنپ می تواند، ابزاری مناسب برای ارزیابی وضعیت تنوع ژنتیکی و هم خونی جمعیت های دامی محسوب شود.