واکاوی ترانسکریپتوم بافت پستانی جهت شناسایی ژن های عمده اثر در فرآیند تولید شیر

تولید شیر یکی از مهم ترین صفات اقتصادی در صنعت پرورش گاو شیری است که توسط تعداد زیادی ژن کنترل می شود و تابعی از فعالیت سلول های اپیتلیال می باشد که تحت تاثیر چندین مسیر بیولوژیکی و اثر متقابل ژن های مختلف و بیان ژن ها می باشند. بیان ژن فرایندی است که در آن از اطلاعات درون ژن استفاده می شود تا یک محصول کاربردی از آن به دست آید، همچنین یکی از مسایل بنیادی است که کمک می کند تا ژنوتیپ به صورت فنوتیپ ظاهر شود. هدف از این مطالعه شناسایی ژن های موثر بر تولید شیر و رسم شبکه ژنی ژن های مورد مطالعه جهت شناسایی ژن های عمده اثر برای فهم بهتر مکانیسم تولید شیر با استفاده از بررسی الگوی بیان ژن طی بررسی های بیوانفورماتیکی می باشد. در این مطالعه به منظور شناسایی ژن ها با بیان متفاوت در بافت پستان گاو شیری، داده های بیان ژن مربوط به بافت پستانی با شماره دسترسی  GSE33680 از بخش GEO بانک اطلاعاتی NCBI استخراج گردید. بررسی کیفیت داده ها با استفاده از بسته Limma موجود در نرم افزار R و با استفاده از روش تحلیل مولفه های اساسی انجام شد. به منظور بررسی عملکرد ژن ها با بیان متفاوت از نرم افزار DAVID استفاده شد. پس از شناسایی ژن های هدف به پایگاه داده ای STRING ارایه شدند، جهت تبین نقش ژن ها از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. در این مطالعه نتایج تجزیه تفاوت بیان ژن ها منجر به شناسایی 14020 ژن شد که بر اساس آماره Fold change  و  adj p-Value تعداد 409 ژن افزایش بیان و 326 ژن کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای بیولوژیکی شناخته شده موثر بر تولید شیر NF-KB signaling, Glycerolipid metabolism ،EGFR1, IL6, B cell receptor,  می باشند. مهم ترین ژن ها براساس درجه ارتباط با ژن های دیگر و مرکزیت درونی و بیرونی ژن های MYC، KRAS، HSPA8،ATP5B ، SRC، JAK1  و  FOXA2 می باشند که نقش آن ها در تنظیم تولید شیر در گزاراشات متعددی به اثبات رسیده است.