ردیابی و شناسایی Candidatus phytoplasma trifolii از درختان سیب در ایران

در بازدیدهای بهار و تابستان سال 1397 از باغات درختان سیب در استان خراسان رضوی، علایم مشکوک به بیماری فیتوپلاسمایی مانند زردی، ریزبرگی، و همچنین برگ هایی که گوشوارک در آن به طور غیرعادی کشیده شده بود در سطح باغات مشاهده شد و 33 نمونه از برگ درختان جمع آوری گردید. با استفاده از آغازگرهای عمومی P1 / P7 و آغازگرهای آشیان ه ای R16F2n / R16R2، fU5 / rU3 و R16MF2 / R16MR2 در واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) از کلیه نمونه های دارای علایم، قطعات 1800 جفت باز در PCR عمومی و در PCRهای آشیان ه ای به ترتیب قطعات 1250، 876 و 1400 جفت باز تکثیر شدند. در نتایج حاصله مشخص گردید 18 نمونه آلوده به فیتوپلاسما مثبت بودند. محصول PCR دومرحله ای با جفت آغازگرهای R16F2n / R16R2، همسانه سازی و تعیین ترادف شده و در بانک جهانی ژن ثبت گردید. مقایسه توالی های به دست آمده با توالی های موجود در NCBI توسط نرم افزار BLAST و همچنین بررسی چند شکلی طولی قطعات برشی (RFLP) حقیقی با محصول PCR دومرحله ای با استفاده از آنزیم های AluI،  RsaIو Tru1I (MseI)، نشان داد که فیتوپلاسمای همراه درختان سیب بیشترین شباهت را با Candidatus Phytoplasma trifolii مربوط به گروه افژولش شبدر (Clover proliferation group, 16SrVI) دارند. آنالیز توالی ها با استفاده از نرم افزار iPhyClassifier، تعیین میزان تشابه نوکلیوتیدی و آنالیز تبارزایی با استفاده از ترادف کامل ژن RNA ریبوزومی 16S نیز تعلق فیتوپلاسمای همراه درختان سیب در استان خراسان رضوی را در گروه 16SrVI-A تایید کرد. این اولین گزارش از سیب های آلوده به Ca. Phytoplasma trifolii در ایران و سایر نقاط جهان است.