طراحی in silico و تایید in vitro برای siRNA هدف گیرنده ژن PTX3 در رده سلولی گلیوما

شناسایی مکانیسم های زمینه ای پاتوژنز گلیوما از اهمیت ویژه ای برخوردار است. بیان بیش از حد ژن PTX3 عمیقا در پاتوژنز گلیوما نقش دارد. سرکوب بیان ژن هدف بر پایه تداخل RNA (RNAi) ازطریق مولکول های RNA دورشته ای ازجمله siRNA می تواند به عنوان یک ابزار درمانی برای خاموشی انکوژن استفاده شود. هدف مطالعه حاضر، القای آپوپتوز در رده سلولی گلیومای U-87 با سرکوب ژن PTX3 است.

انواع روش های in silico برای طراحی siRNA در برابر ژن PTX3 استفاده شد، سپس امتیاز بندی طبق قوانین طراحی صورت گرفت. بهترین مولکول siRNA علیه ژن PTX3 انتخاب و همچنین siRNA درهم ریخته آن نیز طراحی و کارایی خاموش کردن PTX3 در سلول های U-87 توسط Real-time PCR ارزیابی شد. همچنین میزان مرگ سلول های ترنسفکت شده با گروه های کنترل توسط فلوسایتومتری مقایسه شد تا اثر کاهش بیان PTX3 بر آپوپتوز سلولی بررسی شود.

53 مولکول PTX3-siRNA طراحی شده از جهات گوناگون، بررسی و امتیاز دهی و بهترین موارد جهت استفاده در تحقیقات سرکوب بیان ژن PTX3 پیشنهاد شدند. تیمار 72 ساعته سلول های U-87 با PTX3-siRNA طراحی شده در غلظت 100 نانومولار قادر به کاهش بیان PTX3 به میزان 69 درصد بود. نتایج فلوسایتومتری نیز نشانگر القای آپوپتوز در 65 درصد سلول ها بود.

کارآیی siRNA طراحی شده با روش in vitro تایید شد که بر کاهش بیان ژن PTX3 و القای آپوپتوز در سلول های گلیوما U-87 تاثیر قابل ملاحظه ای داشت.