تجزیه و تحلیل رونوشت نای در جوجه های گوشتی SPF آلوده به برونشیت عفونی پرندگان

برونشیت عفونی پرندگان (infectious bronchitis) یک بیماری حاد و بسیار مسری دستگاه تنفسی فوقانی است که توسط ویروس برونشیت عفونی (infectious bronchitis virus) ایجاد می شود. این ویروس از خانواده کرونا ویریده (coronaviridae) است و دارای سرو تیپ ها و سویه های متعددی است. تکثیر سریع همراه با نرخ جهش و نوترکیبی بالا از دلایل اصلی تنوع بالای مشاهده شده است. ضریب تبدیل غذایی و میانگین افزایش روزانه در جوجه های گوشتی تحت تاثیر قرار می گیرد و عفونت اغلب با عفونت های باکتریایی ثانویه همراه است. در مرغ های تخم گذار، IBV باعث کاهش تولید و کیفیت تخم مرغ می شود. امروزه بیماری IBV یکی از مهم ترین بیماری های اقتصادی در صنعت طیور است. در مطالعه حاضر، پروفایل های رونویسی بافت نای گروه آلوده (IBV) با گروه کنترل برای بررسی تغییرات مشخصات رونوشت در مراحل اولیه عفونت مورد مطالعه قرار گرفت. پس از چالش جوجه های SPF با ویروس برونشیت عفونی واریانت 2 IBV IS-1494 (GI-23)، از بافت نای برای استخراج RNA استفاده شد و تغییرات در رونوشت با فن Illumina RNA-seq بررسی شد. ژن های تغییر بیان یافته (DEGs) در رونوشت نای شناسایی شدند. دسته هستی شناسی ژن، مسیر KEGG برای شناسایی روابط بین ژن های متفاوت بیان شده مورد تجزیه وتحلیل قرار گرفت. به طورکلی، در گروه آزمایش تعداد ژن های افزایش بیان یافته بیشتر از ژن های کاهش بیان یافته بود. در گروه آزمایشی، پاسخ ایمنی شدیدتر رخ داد. از ژن های تنظیم شده مهم در این گروه مسیر سیگنال دهی گیرنده شبه Toll، مسیر آپوپتوتیک، مسیر سیگنالینگ MAPK بود. نتایج این مطالعه می تواند یک نمای کلی از تغییرات رونوشت در نای در مراحل اولیه عفونت با ویروس برونشیت عفونی پرندگان (IBV) ارایه دهد.