شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی بر روی ترانسکریپتوم گاو نژاد خالص سیستانی و آمیخته سیستانی با گاوهای هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد

آمیخته گری بین گاوهای بوس ایندیکوس با بوس تایوروس در منطقه سیستان ایران طی سال های اخیر و از طریق استفاده از اسپرم مایع، اسپرم منجمد و یا گاو نر خارجی انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه های آمیخته گری در گاو سیستانی مطالعات اندکی در ایران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسایی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی (SNP) مبتنی بر داده های RNA-Seq  در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد انجام شد.

در این تحقیق، از داده های RNA-Seq مربوط به گاو نژاد خالص سیستانی، آمیخته سیستانی و هلشتاین، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و آمیخته سیستانی و سیمنتال استفاده شد. به این منظور، در ابتدا از سیاهرگ دمی گاوهای  نژاد خالص و آمیخته آن با هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد (4 تیمار و برای هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در شرایط یکسان محیطی، تغدیه ای و مدیریتی واقع در مرکز اصلاح نژاد گاو سیستانی شهر زابل خونگیری شد.

آنالیز شناسایی SNPبر روی ترانسکریپتوم با استفاده از بسته نرم افزاری SAMtools انجام شد که به ترتیب منجر به شناسایی 152496، 177042، 134285 و 163362 جایگاه SNP در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد شد. در این مطالعه، ارتباط مستقیمی بین تعدادSNP های شناسایی شده و طول کروموزوم ها وجود نداشت. همچنین 12 نوع  SNPشناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلیوتیدی عملکردی و هشت نوع جایگزینی نوکلیوتیدی غیرعملکردی بودند. متداولترین SNPهای شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلیوتیدی عملکردی بودند که در نژادخالص سیستانی 71/84 درصد، در آمیخته سیستانی و هلشتاین 72/65 درصد، در آمیخته سیستانی و سیمنتال 72/60 درصد و در آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد 71/94 درصد وجود داشت. 

در مجموع نتایج این مطالعه تایید نمود که فناوری  RNA-Seqروشی موثر، اقتصادی و کارآمد برای شناسایی جایگاه هایSNP است و دلیل اختلاف تعداد SNPهای شناسایی شده در این مطالعه و مطالعات مذکور احتمالا ناشی از تفاوت گونه ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزیابی و سایر عوامل و فاکتورهای موثر در ارزیابی RNA-Seq  نظیر تعداد نمونه ها می باشد.