شناسایی بیوانفورماتیکی شبکه تنظیمی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه

در اقدامات بالینی، تمایز تومورهای تهاجمی ریه از تومورهای اولیه همچنان به عنوان یک چالش باقی مانده است. با پیشرفت های اخیر در درک تغییرات بیولوژیک تومورزایی و فن آوری های تحلیلی مولکولی، استفاده از این تغییرات ملکولی می تواند به عنوان نشانگر زیستی بسیار حساس و اختصاصی برای طبقه بندی بیماران باشد. در این مطالعه شبکه ملکولی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه با رویکرد بیوانفورماتیکی مورد ارزیابی قرار گرفته است.

در این مطالعه تحلیلی- مشاهده ای، پروفایل بیانی ژن های بیماران مبتلا به سرطان ریه اولیه از داده های RNAseq در پایگاه داده اطلس ژنوم سرطان (TCGA)، توسط پکیج TCGAbiolinks تهیه شد. با استفاده از پکیج های edgeR و limma در نرم افزار R، ژن هایی با بیان غیر اختصاصی فیلتر شدند و mRNAها و miRNAها با اختلاف بیان معنی دار بین نمونه های توموری و نمونه های سالم ذخیره شدند و با کمک دو پایگاه TargetScan و miRWalk، اهداف آن ها پیش بینی شد. متعاقبا، شبکه تنظیم کننده تعامل miRNA-mRNA با استفاده از نرم افزار Cytoscape به تصویر کشیده شد.

با تجزیه و تحلیل شبکه miRNA-mRNA مشخص شد که، 7 miRNA شامل؛ hsa-miR-373-3p، hsa-let-7a-5p، hsa-miR-23b-3p، hsa-miR-152-3p، hsa-miR-216a-3p، hsa-miR-106-5p و hsa-let-7i-5p و 6 miRNA شامل؛ has-miR-107، has-miR-17-5p، has-185-5p، has-miR-34a-5p، has-miR-130a-5p و has-96-5p به ترتیب تنظیم کننده mRNAهایی که در سرطان ریه اولیه افزایش و کاهش بیان داشته اند، می باشند.

نتیجه گیری:

 این مطالعه بیوانفورماتیکی یک شبکه ملکولی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه را پیشنهاد می کند که می تواند به عنوان نشانگرهای پیش آگهی به غربالگری و اهداف درمانی جدید سرطان ریه اولیه کمک کند.